土壤采样特别要注意解决合适的层位和粒度，否则不能取得好的找矿效果。据现有经验应注意以下几个问题。
1.层位
1)残坡积层采样一般取自土壤 B 层，通常不在 A 层取样。因为 A 层金属容易贫化;其次在某些特定条件下，在 A 层又可由生物聚积作用产生非矿致异常; 再者 A 层取样因含有机质给分析带来干扰(比色分析时引起域液混浊，光谱分析样品激发时发生样品喷溅)。当然，如经试验某些矿种 A 层采样效果更好，亦可在 A 层，甚至 A0层采样。通常也不在 C 层采样，因效率不及 B 层高。如青海物探队在某地首先在腐殖层(A 层)采样，有的腐殖层大于 1m，未发现异常，后来穿过腐殖层采样，发现了异常，找到了铜矿。
2)外来物覆盖区，应穿过外来物采样。如江苏 814 队在冲积平原利用浅钻穿过冲积层取样，找到冲积层下的铜矿; 吉林某 Cu － Ni 矿，第一次样品取在冲积层上，未取得效果，第二次穿过冲积层取样，找到较大的矿体。
3)在气候炎热多雨、化学风化强烈、元素在地表发生强烈淋溶时则应考虑加大取样深度。如福建某火山岩中的 Cu － Mo 矿床，0.2 ～ 0.3m 深处取样未发现异常，用土钻在0.5m 深处取样，发现了异常，找到了 Cu － Mo 矿床。
4)水田地区应穿过耕作层在残坡积层取样，才能收到好的效果。如广东某地在田埂下穿过耕作层取样(深 0.5m)，发现一个大铜矿。
2.样品粒度
对于 Cu，Pb，Zn，Ni，Co 等硫化物矿床以及热液铀矿土壤取样一般取细粒物质，如砂质土、细砂土、粉砂土、粘土。它们富集粒度为 0.1 ～0.5mm。
对于 Nb，Ta，REE，W，Sn，Au，Pt 等一般取样粒度较粗，如粗砂土。它们的富集粒度为 1 ～3mm。
然而在风成物广泛分布的地区，细粒物中异常微弱，因为细粒物多为风搬运而来，而较粗的粒级中，风成物影响大大减小，如内蒙古物探队发现小于 120 网目(＜ 0.1mm)细粒物质异常微弱，40 ～120 网目(0.3 ～0.1mm)异常最清晰。
3.样品质量
应根据指示元素富集粒度大小，元素分布的均匀程度及分析所需样品质量来确定。通常富集粒度较细的取样质量 50 ～100g，对于富集粒度较粗的取样 100 ～200g。保证通过最佳自然粒度的筛孔后样质量不小于 20g。