病菌主要以菌核在土壤中或附在病残体上越夏和越冬，成为下季主要初侵染源。在干燥条件下，菌核可存活6年之久。病残体中的菌丝体也有一定的传病作用。种植其他感病寄主植物，可使田间菌量积累。例如，马铃薯等作物极易染病，发病后病株上产生大量菌核遗留田间，成为下季初侵染源。有些作物和杂草，虽感染纹枯病菌，但并不表现症状，是小麦纹枯病菌的寄主，对病菌的延续和存活起一定作用。未经腐熟的带有病残体和病土的有机肥也可传播病害。
小麦和大麦种子萌发后，地下部的幼根、幼芽即可受病菌侵染。病害的发生发展大致可分为冬前发病期、病株越冬期、春季病害横向扩展期、病害严重度增长期和枯白穗显症期等5个阶段。冬前病害零星发生，播种早的田块会有较明显的侵染高峰，随着气温下降，越冬期病害发展趋于停止。翌春，小麦返青后，天气转暖，随气温的升高，病情又加快发展。小麦进入拔节阶段时，病情开始上升，至拔节后期或孕穗阶段，病株率和严重度都急剧增长，达到高峰。在小麦抽穗以后，植株茎秆组织老化，不利病菌的侵入和在植株间水平扩展，病害发展渐趋缓慢。但在已受害的植株上，病菌可由表层深入至茎秆，加重危害，使病情严重度继续上升，造成田间枯白穗。此外，麦株病部常可产生大量白色菌丝体，向四周扩展进行再侵染。在天气潮湿时，病斑上可形成担孢子，也可借气流传播进行再侵染。小麦成熟之前，在病部的菌丝层上产生菌核。