第一季为主角和女主角们之间所发生的事件，第二季After story为主角在中学毕业之后，与渚共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，《CLANNAD》就是由这三个要素所组成的故事。
故事通过描述男主角冈崎朋也家庭背景——在他幼年时，母亲因故去世，父亲因此整日借酒消愁，家庭关系极为冷淡。原本应该相依为命的两人，却因为不愿去理解对方的痛苦而互相疏远，生活渐渐颓废下来；最终在他初中时，因为一次家庭暴力，而使得父子俩的关系落到了谷底。 从此以后，朋也与父亲行同陌路，两人的关系似乎只能在血缘和法律上得以维持。他每天去上学，但无论是上课还是课余都只是魂不守舍地发呆，终日得过且过地继续着学生生涯。他不参加任何社团活动，也没有深交的朋友，连唯一能和他亲密说话、每晚“收留”他的“朋友”——春原阳平，也无法触及到他心中冰冻的部分。互不干涉对方深藏的心底的痛苦，这是保证他们两人能继续同来同往的底线。 岁月无情地流逝，那在朋也身边仿佛停滞了的时间，也即将迎来终结，就在那长长的坡道之下。
以冈崎朋也和古河渚的爱情故事为主线，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化
。通过描述高中生活和高中毕业后的工作和家庭生活的点滴细节，包括与朋友的友谊，家人的亲情，情人之间的恋爱，充分展现了男主角冈崎朋也在整整十二年的时间里，从一个十分堕落的不良少年转变为一个热爱亲情的，爱家庭的好丈夫，好男人的过程。同时主角朋也通过对家庭的态度的转变，对人事物态度的转变，人与人心灵上的碰撞，理解，接受，正是《Clannad》所感动之处。“友情也好，爱情也好，久而久之都会转化成亲情”（作家杏林子），《Clannad》与其他游戏、动画最大的不同之处即在于是通过生活之间的点点滴滴的事例，不论是悲伤的，还是高兴的，来极力渲染出“家”的含义，使人感受到“家”的亲情。不管是每个家庭的“小家”，还是城镇上的“大家”，都能感受到“家”无处不在。《Clannad》，家的象征，家的温馨，家的美好，正是《Clannad》的魅力之处，也正是《Clannad》所让人感动的地方。
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