1.保护无病区
加强植物检疫，做好产地检疫，保护无病区，禁止从病区引种或调种，建立无病良种繁殖基地。
2.种子消毒
将种子用55℃温水浸15mm，再移入冷水中冷却，或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1h，然后催芽播种。
3.苗床处理
每平方米用50%福美双可湿性粉剂10～15g与土充分拌匀制成药土，然后将药土制成苗钵备用。另按10kg细土配10g50%福美双可湿性粉剂的比例拌制盖种用土。播种时做到用药土对种子下垫上盖。
4.种植耐病品种
目前对棉花黄萎病抗性较好的品种有辽棉5号、中棉所12。它们具有早熟及中熟特性，发病晚且病情发展缓慢，耐病，损失小。在枯萎病和黄萎病混发棉区，可选用陕401、陕416、1155、2037、69-221和86-6，百棉系列品种等双抗品种。
5.病区轮作换茬
轮作可减轻病害的发生。一般与禾本科作物轮作效果较好，水旱（稻—棉）轮作更有效。这是由于棉田淹水造成土壤缺氧，易使微菌核死亡，减轻发病。冬季深耕，将病残体翻入土壤深层，加速其分解，使病原菌窒息死亡，可减少越冬基数，减轻翌年发病程度。
6.生物防治
芽胞杆菌属（Bacillus）和假单胞属（Pseudomonas）细菌的某些种能有效地抑制大丽轮枝菌生长。木霉（Trichodermaspp.）菌肥，有防病、增产作用。
7.药剂防治
发病初期及时用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液、5%菌毒清水剂300倍液灌根，每平方米灌药液5kg，7dl次，连灌2～3次。