附加文件通常包括不属于文章主体，但与研究相关的所有材料。简而言之，任何提供有关实验、试验、观察或发现的细节，描述或信息的文本都可以作为附加文件包含在论文里面。附加文件不仅可以增加论文的价值，还有助于检测是否有人剽窃您的研究成果。如果材料、方法、调查或图片有可用的在线版本，剽窃检测就变得很容易。此外这些附加文件还可以作为参考副本或备份，以防意外丢失任何信息。
附件文件可能包括如下类型：
对文章内容有贡献的补充数据集，也是文章必不可少的部分。
多媒体文件，如音频或视频片段，展示的是无法用文字有效描述的研究协议、条件、响应或重建的内容。
从不同成像系统获得的图像。
详细描述研究某一部分的图表、图形或数字。在某些情况下，比如期刊对文章的图表数量有严格的要求，或者图表太大不能作为文章主体的一部分，则可以将它们作为附加文件。
无法包含在文章主体中的大型数据表。
化学信息或图纸。
伦理委员会审核书。
用于收集有助于研究信息的问卷、测验或调查。
有关研究中使用的模型生物的遗传信息。
用于数据分析的计算机仿真模型或代码。
在决定哪些信息可以作为附加文件添加到论文时，必须确认以下几点：
这些附件文件（数据集、方法论、协议）对重现或复制您的发现是否重要？
添加这些文件是否有助于使文章更易于阅读和理解？
这些材料是否会使文章更容易被读者看到，从而让论文通过更多的渠道被检索到？