很好问题。
在《火影忍者》中，反派大boss有这么几个阶段：大蛇丸，晓，宇智波带土，宇智波斑，大筒木辉夜。晓组织作为一个过渡性的反派组织，灭亡是注定的。而且晓是由少数精英S级叛忍组成的，所以当这些忍者都消失了，晓也就灭亡了。我个人把晓组织分为两个阶段，一个是弥彦晓，另一个是长门晓。
1.弥彦晓
弥彦晓就是指由弥彦、长门、小南联合创立的初期晓组织，此时的晓的组织理念是改变忍者世界，创造一个和平的生存环境。听起来很熟悉吧，毕竟弥彦长门小南是自来也的弟子。弥彦晓的灭亡主要是直接原因是威胁到了半藏在雨隐村的统治地位，半藏联手木叶暗部团藏对其进行了埋伏，通过人质小南威胁弥彦自杀，弥彦自杀后长门暴走，衍生出后来的长门晓。根本原因是宇智波斑的阴谋，带土冒充的宇智波斑伏击了前去支援的晓组织精锐，导致弥彦这边战斗力不足。也可以说，晓输给了那个黑暗的忍者时代，灭亡是必然的。
2.长门晓
所谓长门晓，实际上是在宇智波带土假扮的宇智波斑的暗中控制下，以收集尾兽查克拉复活十尾为目的的叛忍组织。组织里都是在忍界声名赫赫的叛忍，极度危险份子。在收集尾兽的过程中，晓成员遭到了各大忍村的精准打击。其中，赤砂之蝎因抓捕一尾守鹤人柱力我爱罗被小樱和千代婆婆联手杀死，也可以说蝎是自杀的。迪达拉是在和佐助的战斗中为了艺术献身自爆了。角都惨败于鹿丸、卡卡西和鸣人之手，飞段被鹿丸炸的只剩下一个脑袋埋在土里；宇智波鼬死于疾病，干柿鬼鲛败于凯皇后自杀；长门被被鸣人用嘴遁说死，小南惜败与带土的伊邪纳岐之术被带土杀死。
黑白绝和带土本来就是布局者，晓组织对它们来讲就是工具，连大boss宇智波斑都栽在黑绝的手里，所以当晓的主力精英全部被消灭后，晓就没有利用价值了，自然要灭亡，可以说，长门晓灭亡于黑绝的阴谋。
以上就是我的回答。
火影里，晓组织堪称是第一大恶势力，每个人都是S级以上的各国叛忍，单论战斗力，在上忍里都是能排上号的。里面有幻术玩的出神入化的宇智波鼬，查克拉多到可以媲美尾兽的鲛，把风影也做成傀儡的蝎，甚至连不死之身都有……
说实话，即便不需要出动大boss佩恩与带土，各忍村如果想消灭掉晓组织，其实也是很困难，因为他们单兵作战能力强，而且人数少，即便打不过还能迅速转移阵地。不过晓组织还是存在着一些致命的因素，导致了它的覆灭。
1.晓组织后继乏人
加入晓组织的方式只有一种：邀请制。
在执行任务时，发现有人是高手就会发出加盟邀请，先是好言想请，如果拒绝，那就用武力解决。（那位喜欢扔炸弹的仁兄，就是被宇智波鼬的幻术折腾到不行，才会选择加盟）
不过此方式的门槛极高，制约了晓组织的发展壮大。死一个，就会少一个，后继乏人。
2.晓组织是分散作战
晓组织通常是两人为一小组去执行任务，虽然都是高手，不过毕竟只有两个人，而且通常每个小组执行任务的地点，都是相差很远，没有办法互相帮助。只要遭遇敌人大部队伏击，被歼灭的可能性会很高。
比如角度和飞段，就是被人数众多的卡卡西小分队干掉了。
3.晓组织执行的任务都有很大的危险性
据剧情分析，晓组织的任务，要么是暗杀大名，要么是挑起战争，要么就是捕获尾兽，每一项任务都有极高的危险性，随时都有丧命的可能。
鼬的前任队友就是在执行任务时，被尾兽化的水影给干掉的。