应用GIS系统多种多样，形式各异，但从开发实现的角度考虑，基本上可以概括为三种形式:独立开发、单纯二次开发、集成二次开发。
独立开发的优点在于无须依赖任何商业GIS工具软件，这样一来不仅减少了开发成本，而且同样的算法设计与代码运行可以运用于以后的类似的应用系统开发中，这样可以为许多最终用户节省购买GIS工具软件的费用，但进行这种方式的开发一方面要求开发者具有深厚的计算机程序设计功底，另一方面对于大多数开发者来说，能力、时间、财力方面的限制使其开发出来的产品很难在功能设计和使用上与商业化GIS工具软件相匹敌，而且在购买GIS工具软件上省下来的钱可能还抵不上开发者在开发过程中绞尽脑汁所花的代价，因此这种开发方式仅为少数开发者使用。
单纯二次开发由于是借助于GIS工具软件提供的宏语言进行的，省时省心，但不管是ArcView提供的Avenue，还是MapInfo提供的MapBasic，作为编程语言都只能算是二流的，用它们来开发应用程序仍不尽如人意，效率低下，且在界面设计上相对单一，难于发挥开发者的想象力以及不同GIS应用的需要。
集成二次开发既可以充分利用可视化软件开发工具的高效方便的编程功能，又可以充分利用地理信息系统工具软件完备的空间数据可视化分析处理功能，集二者之所长，不仅能大大提高应用系统的开发效率，而且使用面向对象的可视化软件开发工具开发出来的应用程序具有良好的外观、完善的功能，且可靠性好、便于维护。尤其是使用COM技术利用GIS功能组件进行集成开发更能表现出这些优势。
综上所述，集成二次开发正成为应用GIS系统开发的主流方向。GIS工具软件一般是有计算机专业技术人员组成的科研集体完成开发的，系统的设计技术较高，而实用GIS系统一般是非计算机专业人员开发、用于特定行业或特定地区的软件系统，具有较强的应用专业性或区域性。从某种意义上来讲，GIS工具和应用GIS系统在功能上没有本质的差别，主要体现在通用性和专用性上，既从通用界面到专用界面，从通用模型到专业模型。地理信息系统软件设计技术较高，在应用GIS系统开发上重复开发GIS技术的基础功能无疑会造成人力和财力的巨大浪费，而且对非计算机专业的技术人员来讲也存在有巨大的难度。在地理信息系统工具上开发应用GIS系统无疑是一条捷径，不仅可以节省软件开发的人力、物力、财力，而且也大大缩短了软件开发周期，提高了应用系统的整体水平。
近几年来，GIS工具得到了快速发展，而且日益成熟，有些软件已经提供了功能强大的二次开发功能，为迅速建立应用GIS系统奠定了基础。任何一个地理信息系统应包括如下几方面的内容:数据输入、数据编辑、数据查询、空间分析模型、信息输出。在GIS工具上进行应用GIS系统的二次开发主要完成如下几方面的工作:专业化界面开发，使通用GIS工具转化为专用GIS系统;高层次的专业应用模型开发与模型管理，完成特定行业要求的空间模型运算。
本系统软件开发技术路线为:
(1)以Windows98为操作系统，以MapGIS为GIS支撑环境平台。
(2)使用MapGIS的API函数进行二次开发，以VisualC为开发编译工具，重新开发C类库，实现系统界面风格上的一致。
(3)在系统开发中要充分利用现有的软件开发成果，以缩短系统的开发周期和可行性，严格按照软件开发规范开展工作。
(4)引入成熟的算法与源代码。
(5)注重软件的测试工作，将软件问题消灭于萌芽之中。