被人称为“国耻学校”的原因:
当年的清华学堂，在办学方法和教学制度上，都是依照美国学堂的样子开办的，但是，在内部行政管理方面，却还在沿用封建帝国的套路。刚刚兴建的清华学校全名叫做“帝国清华学堂”，在里面学习和生活的学生，都是满口洋文，但是，他们的后脑勺上，却还留着长长的大辫子。
当时，在大学内部设有“西学部”和“国文部”两大部门。在西学部，主要采用的是西式的教材和学习方法。在学校建立初期来清华任教的老师，主要由清朝政府的外务部委托美国青年会推荐而来。在1911年，一共有17位美籍教师来到清华任教。
这其中，有8名男老师，9名女老师，他们也是来到清华任教的第一外教人员。这些美籍教师来到清华园，主要在西学部担任老师，进行相关的教学工作。而教授的课程，主要是英语和自然科学，以及社会、人文科学等基础科目。在这些课程当中，夹杂和渗透着很多美国的文化，受到西方的影响较大。
而学校，对于学生的要求也是非常严格的，各种规章制度也比较多，比如：学生没有经过同意，不得擅自离开校园；不允许学生抽烟喝酒；还要求学生要讲究个人卫生，每周至少要洗一次澡；学生的身上不可以带钱，也不能带贵重的物品；学生在课堂上不可以看“闲书”等等。
当时，清华学堂要求学生每天早上七点必须起床，七点二十的时候要到食堂去用早餐等等。总之，当时的学生管理制度和各类要求是非常多的，这里就不一一说明了。那么，有奖励也就有惩罚，在斋务长制定的规则当中，奖惩还是比较分明的。
其中，惩罚的条款，主要按照犯校规的轻重轻度加以区分，从训诫、思过，到记过、开除都有。当时，在学校里还建有“思过房”，地处地势低洼的地方，冬天冷，夏天热，屋子里什么都没有，外面会设有斋务处的人，对受罚人员进行监督。
这样一间思过房，其实，跟监狱没什么两样，学生都不愿意进去，从而，更是产生了非常强有力的震慑作用。