蒙古人发迹于斡难之时，本来是没有文字的。1204年，成吉思汗征讨乃蛮人之时，乃蛮人掌印官回鹘人塔塔统阿虽然遭逮捕，依然守着国家的印信。成吉思汗非常嘉许他忠于自己国家的行为，遂命令他掌管蒙古国的文书印信，并命令他教授太子、诸王畏兀字以书写蒙古语。蒙古人至此时便采畏兀字母以书写蒙古语，学界称为回鹘式蒙古文，蒙古族开始采用回鹘字母拼写自己的语言。这种书写系统是现行蒙古文的前身。
其字母读音、拼写规则、行款都跟回鹘文相似。回鹘式蒙古文字母表至今尚未发现直接的文献记载。据后人对这种文字材料进行分析，归纳出19个字母。其中，5个表示元音,14个表示辅音。每个字母视其出现在词里的位置不同，写法略有变化，分词首、词中、词末3种变体。拼写时一般以词为单回鹘式蒙古文位,上下连书。但是，有时一个词也可分作两段书写。拼写规则不严密，重文别体较常见。字序从上到下，行序从左到右。标点符号有单点(相当于逗号)、双点(相当于句号)和四点(用于段落末尾)3种。现存用回鹘式蒙古文写成的文献中,最早的是《也松格碑》(1225)。元世祖忽必烈1269年颁行"蒙古新字"(不久改称"蒙古字"，今通称"八思巴文")后，回鹘式蒙古文的使用一度受到限制。元代后期，回鹘式蒙古文又逐渐通行。到17世纪时，回鹘式蒙古文发展成为两支，一支是通行于蒙古族大部分地区的现行蒙古文，一支是只在卫拉特方言区使用的托忒文。
自元世祖委托国师八思巴另制八思巴文，每以"畏兀字"呼之，以示区别。但虽然禁令屡下，当时的蒙古人仍然喜欢使用蒙古文字，八思巴文遂转以拼写他族语音。直到明朝建立，元顺帝北返，新字遍罕见有人使用。岭北等处诸蒙古人仍以畏兀儿字母为正宗。
十六世纪蒙古人信奉佛教，广译遍传佛经， 蒙古文字因而普及、定型。因此十六、十七世纪之交，为蒙古之文艺复兴。在这之前书写蒙古语的之部分缺失，皆改进之。此时引入许多藏语、梵语之内典用语，取代以往蒙古人使用的词汇。并且为了便于表示藏、梵语音，另造变体字母。字母之改良以阿里嘎里为大宗。1587年，喀喇沁翻译者阿尤希固什修改旧有的字体，自创了阿里嘎里文，这种文字可以表达所有的藏、梵语语音，且可以表达诸蒙古语所无之辅音群。此时部分古语遂弃而不用。学界谓此时之书面蒙文为古典蒙文。
清朝时，亦取鉴蒙古字母，创满文以书满语。二者字型相似，故能触类旁通。此后自十七世纪末至十八世纪，古典蒙文得以充分发展。北京、内蒙古之木版印刷业俱盛，谙蒙语之帝王或者是藏族法师都参与编纂辞典、语法书等。
又1648年卫拉特蒙古和硕特部僧侣札雅班第达(那木海札木苏)亦改良传统，分析蒙古文字的标音，造新体字"托忒文字"(todo mongγol)，但此新字体只通行于天山南北路、伏尔迦河口诸处，东蒙古未有采用。字母表包括31个字母。其中，7个表示元音，24个表示辅音。4个圆唇元音分别用不同字母表示，o或u，?与ū的写法有区别。辅音字母d、t在任何情况下都不混用;阴性词里的ɡ、k用不同字母表示。表示z、c、╫、呇的字母，与蒙古文相比，在字形和读音安排上有所不同。设置了表示长元音的附加符号，并且规定了表示长元音的双写形式。由于做了这些改进，托忒文能够比较准确地表达卫拉特方言的语音系统。
1686年，喀尔喀僧侣扎那巴扎尔仿造藏文梵字，创造索永布文，共有字母九十个，左起横书，一样能精确表达藏、梵语，以及蒙古语的语音。索永布文非常的美观，寺院经常以此加以装饰，只可惜此文字写起来比八思巴字还不方便，因此罕用于社会上。同年扎那巴扎尔另造横书方块字，通行于喀尔喀各处之佛寺间。
二十世纪初，曾有蒙古文拉丁化之议，当时却未付诸实行。1945年，蒙古人民共和国的蒙古人转用以西里尔字母为基础的拼音文字，俗称"新蒙文"。这种文字的字母表比俄文多Θ、Y两个元音字母。长元音用双写字母表示。能够比较准确地表达喀尔喀方言的语音系统。1946年以降，蒙古国改以西里尔字母拼写喀尔喀方言。而中华人民共和国之内蒙古自治区则仍采传统蒙古字。