人工染色体载体是科研中的重要工具，如酵母人工染色体（YACs）和细菌人工染色体（BACs）等。YACs是利用酿酒酵母的染色体复制元件构建，通常以环状形式存在，带有复制元件如ARS（自主复制序列）、CEN（着丝粒）和TEL（端粒）等，用于自主复制和染色体分配。选择标记如trp1、leu2、his3和ura3等帮助筛选含有外源DNA片段的重组子，形成YAC文库，DNA片段大小可达200-500kb甚至更多。
BACs则基于大肠杆菌的F质粒设计，具有低拷贝性、精确分配至子代细胞的基因座和抗生素抗性标记。通过Not I酶切和噬菌体启动子测序，BACs可容纳更大规模的DNA片段，一般克隆大小约为120kb，最大可达300kb。F质粒虽可自然转移遗传物质，但基因操作通常采用人工转化方法。P1噬菌体载体和P1人工染色体结合了P1和BAC的优点，如P1载体能容纳较大片段DNA，而PAC（P1人工染色体）既可利用噬菌体包装又可电穿孔导入大肠杆菌。
这些载体都是为了构建和研究大片段DNA，尤其在基因组研究中发挥关键作用，但同时存在基因缺失、重组和嵌合体等问题，影响其在实际应用中的便捷性。尽管如此，由于酵母和细菌对不稳定DNA的容忍度，以及PAC的单拷贝性质，人工染色体载体仍然是基因克隆和功能研究的有力工具。
人工染色体(英文：artificial chromosome)指人工构建的含有天然染色体基本功能单位的载体系统。包括酵母人工染色体（YAC）、细菌人工染色体（BAC）、P1派生人工染色体（PAC）、哺乳动物人工染色体（MAC）和人类游离人工染色体（HAEC）。人工染色体为基因组图谱制作、基因分离以及基因组序列分析提供了有用的工具。
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