常用的克隆载体有质粒载体、噬菌体载体和人工染色体载体。
1. 质粒载体：质粒是细菌染色体外的DNA片段，能够自主复制并稳定遗传给后代。质粒载体是克隆技术中最常用的载体之一，具有多克隆位点，便于插入目的基因，同时也易于从细菌中提取和鉴定。常用的质粒载体包括pBR322、pUC系列等。它们被广泛用于基因克隆、基因转移和基因表达研究等领域。
2. 噬菌体载体：噬菌体是一种能感染细菌的病毒，可以利用噬菌体的DNA作为载体，将目的基因插入其中并进行复制和传播。与质粒相比，噬菌体载体的拷贝数更高，适用于大规模克隆生产。常用的噬菌体载体包括λ噬菌体和T系列载体等。它们在基因克隆和基因功能研究等领域有广泛应用。
3. 人工染色体载体：人工染色体是一种人工合成的染色体片段，具有较大的容量，可以容纳更大的基因片段。与质粒和噬菌体相比，人工染色体载体更适合用于克隆大型基因簇或基因组序列。常用的人工染色体载体包括酵母人工染色体和人类人工染色体。它们在基因组研究和生物技术产业中具有广泛应用前景。总之，不同的克隆载体因其特点和优势被广泛应用于基因克隆和基因工程领域中的不同方面研究工作中。