法律分析：合作医疗住院报销百分之几：(一)起付线。一级定点医疗机构100元，起付线以下的医药费用不予报销。二、三级定点医疗机构不设起付线。 (二)报销比例。一级定点医疗机构住院不实行分段补偿，符合报销范围内的医药费补偿比例为65%。二、三级定点医疗机构住院实行分段补偿，分为5000元以下(含5000元)、5000元以上至10000元(含10000元)和10000元以上三段(下同)。 符合报销范围内的医药费按以下比例报销： 二级定点医疗机构5000元以下的部分按50%的比例报销，5000元至10000元的部分按55%的比例报销，10000元以上的部分按60%的比例报销。 三级定点医疗机构5000元以下的部分按35%的比例报销，5000元至10000元的部分按40%的比例报销，10000元以上的部分按照45%的比例报销。 一级定点医疗机构包括镇街道卫生院和区级专科医疗机构，二级定点医疗机构包括区级综合医院和市级专科医疗机构，三级定点医疗机构包括市级及市级以上综合医院、市级以上专科医疗机构。
法律依据：《社会保险法》第二十三条? 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。 无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
《社会保险法》第二十四条 ?国家建立和完善新型农村合作医疗制度。 新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《社会保险法》第二十五条 ?国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。 城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。 享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。