蒙古本身并不是铁板一块，这个应该分开来说！
在元朝时期就因为内斗被朱元璋推翻，后来蒙古就处于不断的分裂，在明朝中期的时候分裂成瓦刺和鞑坦两大部落，到明朝末年的时候进一步分裂成更多的部落，包括维拉特诸部、喀尔喀、科尔沁等部。
所以，到明末清初的时候蒙古只能是一个泛称，并不是一个整体。
满清一体的民族政策
在努尔哈赤统一女真的过程中，为了共同反对明朝的统治和蒙古一直积极联系，保持良好的民族政策。
到皇太极时期的更是采取满蒙和亲的政策，皇太极的五大妃，全是蒙古人，从中可以看出满蒙之间的关系。
除此之外，皇太极在编制八旗的时候，还将蒙古八旗编入其中，满洲的统治其实并不是单纯的满族，而是采用军民一体的八旗制度，只要进入八旗就是统治阶级，所以，满洲中，归入八旗的蒙古也是统治阶级。
在英法联军侵华时，僧格林沁领导的清朝最后的八旗骑兵就是蒙古骑兵。
而皇太极在1636年建立清国，除了是皇帝之外，也是大汗，皇太极即使满洲的皇帝，也是蒙古的大汗。
清朝和准噶尔的百年战争
然而，这只是蒙古东部和清朝走的比较近的部落，在清军入关一统中原的过程中，蒙古在西面形成了准噶尔、喀尔喀等两大部落，他们和清朝之间，保持中立的关系。
康熙皇帝在平定三藩之乱，收复台湾后，收服了喀尔喀蒙古与准噶尔汗国形成对峙，在清朝的记录当中，将清朝与准噶尔汗国的战争，通常评价为平定准噶尔，是以内乱的形势定义的，因为在清朝的统治者看来，自己已经是蒙古的大汗，而准噶尔只是蒙古的一个分部。
其实，准噶尔汗国当时已经是独立存在的关系了，其首领葛尔丹带领准噶尔迅速走向强大，当时东方三大帝，葛尔丹、康熙、彼得大帝并称，说明人家根本就不虚清朝。
当时康熙也希望采取传统的满蒙政策对待准噶尔，并且不用准噶尔朝贡，但是，噶尔丹根本不为所动，甚至还有向喀尔喀进行活动，而当时喀尔喀部已经被收服，如果准噶尔夺下喀尔喀，那么，北京就暴露在准噶尔的骑兵打击范围之内。
于是康熙两次亲征准噶尔，后来准噶尔部发生叛乱，康熙趁机打败准噶尔，但是准噶尔并没有被灭，一直持续到乾隆年间，才彻底打败准噶尔。
清朝的蒙古的战争才算彻底结束。