三甲医院报销比例55%，有转诊证明按55%报销，没有转诊证明按35%报销。
新农合转诊窗口在为患者办理纸质转诊手续的过程中，同时进行网上电子转诊，这种情况报销比例是一样的，另外急诊、重症
精神病，不需办理纸质转诊，可通过电话直接实施电子转诊，其报销比例出不会降低。非急诊和重症精神病，不先办理纸质转诊手续，直接去外地住院，住院后通过电话实施网上电子转诊，这种情况称非正常转诊，报销比例下调20%，这样报销比例就不一样了。正常情况下，要先到本县县级医疗机构就诊，因病情严重，该院医疗条件限制，医生会建议县外医疗，并出具转诊转院证明，再到县农合转诊窗口审批，然后到指定的医院就诊治疗，这种情况称之为逐级转诊，也叫正常转诊，报销比例不会降低。
一、转诊手续办理地点
参保人员可在全市医保定点的社区卫生服务中心（或
一级医院）就医，因病情需要到二、三级医院就医的，需办理转诊手续。
二、门诊转诊手续
1、由就诊医院的经治医师开具《xx市基本医疗保险门诊转院证明》（以下简称门诊转院证明），再到该医院有关部门审核盖章，并由经办人员刷卡登记。
2、参保人员到转入医院首次就医时，应当凭本人的社会保障卡（或
医保卡）、门诊转院证明办理转入手续。转入医院将其门诊转院证明留存。
3、门诊转院证明自开具之日起，有效期为3个月。超出3个月后需继续转院的，参保人员应当到社区卫生服务中心（或一级医疗机构）重新办理转院手续。
4、参保人员转至二、三级医院后，仍可在社区卫生服务中心（或一级医疗机构）持卡就医并上网结算医疗费用。
法律依据：《
中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和
卫生行政部门应当建立
异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。