不违法。公司基本制度的设置只要内容合法、程序合法，及对公司全体员工产生约束效力，公司员工如对公司基本制度制定过程中存在的问题有相关意见，可以在全体职工大会在相关制度的讨论过程中提出个人的意见和想法，如果建议不被接纳，公司制度经过全体职工大会通过的，员工不认可公司制度可与公司协商一致解除劳动合同。
法律分析
公司基本制度的设置首先要求内容必须合法，您所指公司制定扣钱制度属于公司的管理职能，要分情况进行分析，但是只要公司基本管理制度不违法法律法规的强制性规定和部门规章、地方性规章等规定，在内容方面是合法有效的；其次，公司基本制度程序必须合法，直接涉及到劳动者切身利益的管理制度，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，与工会或者职工代表平等协商，并将规章制度公示或者告知劳动者。至此，公司的基本管理制度即产生法律效力，全体员工均受其约束。目前制度的公示和告知方式多种多样，可以采取在工作地点进行张贴公示的方式、也可以通过微信群或者微信私聊的方式进行告知，法院一般均予以认可。公司基本管理制度生效后，如果证据证明员工已经严重违反了公司的规章制度，不仅可以扣工资和绩效奖金，严重时可以直接辞退相关严重违反公司基本管理制度的员工，且无需支付经济补偿金。
【个人建议】
个人建议您这边可以在公司基本管理制度制定过程中，涉及到劳动者切身基本利益的，可以通过工会或者职工代表大会充分发达意见和想法，如果无法改变公司基本制度，劳动者可以与公司进行进一步的协商。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》 第四条 用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
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