该团参加了占领苏台德地区、合并奥地利、入侵捷克斯洛伐克等行动，它的第一次战斗却是在1939年的波兰战役。是役该团归属于南部集团军群，在冯·龙德施泰特（von Rudenstedt）指挥下，歼灭了波军第十步兵师。9月25日作为南方集团军群旗下的一支部队，警卫旗队在罗兹、华沙和莫德林地区经历了首次实战。希特勒和希姆莱在古左夫视察了警卫旗队的特遣队。其后该团随集团军群一路打到华沙城下，警卫旗队护卫营获得一面特殊的军旗。在波兰战役中，警卫旗队共伤亡400人。同时该部制造了党卫军历史上的第一起暴行。
1939年12月希特勒亲自出席了警卫旗队在德国巴登 埃尔姆斯（Bad Elms ）举办的圣诞庆祝宴会，并向部队的每位成员赠送了香烟、蛋糕和一瓶葡萄酒。1940年3月 希特勒批准警卫旗队组建一支装备105毫米榴弹炮的炮兵营。当月德国官方首次开始使用“武装党卫队”（Waffen-SS ）这一术语。 波兰战役胜利后，德军主攻方向转向低地国家和法国。在德国本土休整的该团得到了新型的四号坦克，并且完全实现了摩托化。虽然该团作为预备队使用，但它的摩托化连却直接在空降部队指挥下在荷兰鹿特丹作战。在这场战役中党卫军二级小队长克拉斯（Hugo Krass）获得了第一枚铁十字勋章。但该团同样犯了严重错误，误射了空降部队的库特·斯徒登特将军（Kurt Student）。其后，该团协同第7装甲师向南进攻，目标直指埃尔斯（Arass） ，但却被英军和法军所阻。“骷髅头”的进攻也很不顺利。经过奋战，该团到达了敦刻尔克东南的运河地区，其它部队也已完成了对英军的合围，英国远征军只能靠船运才能脱险。但在关键时刻希特勒发出了令后世争论不休的“停止”命令，迪特里希却不买希特勒的帐，下令部下继续攻击。不过由于其侧翼部队已遵照元首之命停止了进攻，该团遭到英国远征军后卫部队的顽强阻击。几天后，希特勒又下令恢复进攻时，该团终于突破英军的阻击线。当他们气势汹汹赶到海滩时，才发现英国大兵们早已乘一切可以漂浮的东西逃回英国去了。该团又制造了一起屠杀事件，在敦克尔克附近的沃尔姆豪特（Wormhout ）警卫旗队的威廉·蒙克命令其手下集体屠杀了65名（80）英第48步兵师战俘。
在法国战役的第二阶段，该团作为第14军指挥下的独立团参战。第14军从亚眠（Amiens）的桥头堡开始向南进攻，但被法军的顽强抵抗所阻，不得不撤退。随即该军在亚眠以东75英里处再次进攻，这次攻势顺利，第14军穿过塞恩河（Seine），切断了卢瓦尔（Loire）地区大量法军的退路。西线战事终以1939年6月25日法国投降而结束，第14军沿法国海岸一直开到西班牙边界，完成法国剩余地区的占领。在这段时间里，该团主要参加了莫林（Moulins）、泊坎（Pourcain） 以及圣·埃田（St. Etienne）地区的战斗。
法国战役结束后，该团在法国休整。为了准备即将到来的“海狮计划”，该团刻苦训练两栖作战。1940年7月乔治 克普勒、保罗豪塞尔和“塞普”·迪特里希在柏林国会大厦举行的胜利庆典上获颁骑士十字勋章。希姆莱向当时驻扎在德国梅斯的警卫旗队颁发写有希特勒名字的军旗。在1940年8月，该团加强到一个旅的编制。1940年9月在梅斯的阿尔文斯勒本要塞举行的一个庆祝仪式上，希姆莱向警卫旗队授予经过修改的新军旗。 在打完南斯拉夫和希腊战役后，该团被升级为党卫军步兵师，扩编为机械化步兵师，此时的总兵力为10796人，平均年龄19岁。它被立即调防布拉格，跟随南部集团军群，再次在冯·龙德施泰特指挥下，参加“巴巴罗萨行动”突袭苏联。南部集团军群攻势顺利，从卢布林市（Lublin）一直攻到维斯瓦河（Vistula） ，目标直指西乌克兰。在突击塔特（Tarter）筑垒地区以敞开克里米亚（Crimea）门户时，该师第一次在侵苏作战中出现。
从那儿南部集团军群将攻击目标转向基辅（Kiev），该师和“维京师”跟随第11军和第17军在乌曼（Uman）合围了苏军第六、第12集团军以及第18集团军一部，共计23个步兵师、山地师和坦克师，俘虏十万三千余人，其中包括苏第六和第12集团军的司令官，缴获装甲战斗车辆317辆，火炮858门，反坦克炮和高射炮242门，载重汽车五千余辆，铁路列车12列，以及无数其他作战物资，苏军伤亡在20万人以上。乌曼会战结束后，德军离开该地，在宽大正面上向第聂伯河推进。一路未遇敌较大抵抗，于8月的第3个星期进抵基辅与克列缅楚格间的第聂伯河一线。该师在塔甘罗格（Taganrog）作战中发现苏军枪决了六个被俘的党卫军士兵，作为报复，迪特里希下令在今后三天内该师部队“不准接受任何（苏军士兵）投降”。在苏联的塔甘罗格，师长迪特里希下令屠杀了4000名苏军战俘。
基辅会战胜利后，1941年11月，该师参加了向苏联西南部重镇罗斯托夫（Rostov）的突击，虽一度突入市区，却遇到了苏军的疯狂抵抗而退出，这使得冯·龙德施泰特不得不下令部队转入防御。希特勒大发雷霆，撤了龙德施泰特的职。1942年夏季，在顿内次（Donets）地区渡过可怕的俄国严冬之后，该师返回德国重组，继“帝国师”和“骷髅头师”后成为第三个党卫军装甲掷弹师（装备两个装甲掷弹兵团），1941年12月第3装甲军司令官埃贝哈德·冯·马肯森上将在给希姆莱的信中写到：每支部队都想与警卫旗队并肩作战，他们训练有素，充满着乐观主义精神和旺盛的战斗热情，临危不惧，……….这是一支真正的精锐部队。
作为对其奋战的奖励，该师调防法国土伦（Toulon）1942年6月在接下来举行的穿越巴黎胜利阅兵式上，警卫旗队接受了龙德斯泰特元帅的检阅。1942年7月15日重新命名为党卫队“阿道夫·希特勒党卫队警卫旗队”（摩托化）步兵师。1942年 10月22日师重新命名为党卫队“阿道夫·希特勒党卫队警卫旗队”装甲掷弹师（以下简称LSSAH师）。 LSSAH师在维希法国作占领军。全师兵力为：军官678人，士官及士兵20166人，LSSAH师部分成员作为基础骨干调往正在组建中的党卫队第9“霍亨斯道芬”装甲师。 1943年，该师重返东线，作为保罗·豪塞尔（Paul Hausser）新组建的党卫军装甲军的一部参加了哈尔科夫（Kharkov） 争夺战。在这次战役中，苏军损失52个师级和旅级部队，2万多名士兵阵亡，600多辆坦克损失，在苏联哈尔科夫市将700名苏军伤员杀死在医院的病床上。 1943年3月21日，希特勒为迪特里希的骑士十字勋章加上了双剑饰。希特勒还告诉迪特里希他打算抽调LSSAH师的军官（包括团和连级军官）去组成组建中的党卫队第1装甲军和党卫队第12“希特勒青年团”装甲师的基本骨干。在哈尔科夫战役中LSSAH伤亡了4500人，占了全师战斗人员的44%。 全师转入修整和补充，接收了来自空军的2500名补充人员；6月，迪特里希卸任，师长一职由“特迪”维希接任。 随着德军夺取哈尔科夫，围歼库尔斯克突出部苏军的“堡垒作战”已蓄势待发。
1943年7月5日凌晨，苏军出人意料的炮击德军的进攻出发阵地及其纵深。库尔斯克会战拉开了序幕。该师在曼斯坦因指挥下于午后随同第332步兵师、第三装甲师、“大德意志”机械化师、第167步兵师、第二党卫军“帝国”装甲师、第三党卫军“骷髅头”装甲师、第168步兵师、第六装甲师、第七装甲师、第106步兵师及第320步兵师开始向苏军南部防线实施突击。 1943年7月12日凌晨，该师（归第二党卫军装甲军指挥，侧翼为第48装甲军）在普罗霍洛夫卡附近的阵地传来震耳欲聋的坦克引擎轰鸣声。归属于草原方面军的第五近卫坦克集团军的第18和29坦克军的403辆坦克（233辆T－34）和21门自行火炮出现在德军阵地前沿。一场历史上最大的坦克大决战即将在这块狭小的15平方公里战场上展开。
此时，该师共有坦克67辆和突击炮10门。德军一方参加普罗霍洛夫卡大战的坦克和突击炮数量为198辆。
早晨6时30分，德国空军开始了对苏军防线实施轰炸，接着8时30分，德军和苏军几乎是同时发动了攻势，两军迎头撞击在普罗霍洛夫卡郊外的原野上，在冲锋过程中，苏军的坦克付出了可怕的代价，在德军“虎式”坦克和88毫米反坦克炮的轰击下，一辆接着一辆苏军坦克爆炸起火，但苏军并没有后退，在12日一整天里，苏军几乎不停顿的发起了一波连着一波的攻击，双方将士都打“疯”了，那些坦克被打坏的坦克兵们，就在坦克的残骸旁，用轻武器互相射击，甚至进行肉搏。惨烈的战斗一直进行到夜晚，精疲力竭的双方才停了下来。苏军未能完成摧毁第二党卫军装甲军的任务，但德军向普罗霍洛夫卡的突破被挡住了。
苏军第29坦克军在战斗中损失惨重，损失高达50%以上，而第18坦克军投入战斗的第170和181坦克旅也同样受到很大损失，不过该军还保持着完整的第110坦克旅和第36近卫坦克团。总的来说，苏军在12日普罗霍洛夫卡损失坦克和自行火炮在180辆左右。在这同时，德军损失接近其总兵力的50%，也就是80～90辆坦克和突击炮。
12日的战斗后几天，第二党卫军装甲军仍继续进攻，包围了苏军的几个步兵阵地，占领了一些极有战略价值的高地。但希特勒已经丧失继续战斗的意志了，接到盟军在西西里岛登陆的消息，希特勒决定放弃库尔斯克会战，将军队撤出以保存实力，为防御做准备。
库尔斯克会战以德军失败告终，迪特里希也离开了这支队伍。该师被送到意大利执行一些肃清游击队任务，在这段事件里该师又在小镇博斯（Boves） 制造了另一起暴行，LSSAH师收到情报说意大利“叛军”抓了2名党卫队军官并计划攻击LSSAH师。据此，约阿希姆·派普下令用150毫米榴弹炮轰击怀疑是“叛军”据点的波维斯镇（Boves ，结果炸死了34名平民。）。 升级为党卫军装甲师
此后该师重新返回东线，经历连番恶战后的LSSAH师损失惨重，只剩下3辆坦克和4辆自行火炮可用了。 但不久又和第一装甲师、第16装甲师以及“帝国师”的2500人一起被苏军合围在卡曼特斯－波多里斯克（Kamenets-Podolsk）。但由第九、第十党卫军装甲师组成的第二党卫军装甲军成功解救了这些被合围的部队，LSSAH师虽然突围成功，但部队遭到了毁灭性打击，全师只剩下不到1250人 。该师再次退入法国休整。
1944年3月，该师被升级为党卫军装甲师。由于部队编制已不到满员标准的半数，该师获准到比利时境内休养补充，LSSAH师驻扎在比利时的Turnhout ，同时接收了超过2000名来自党卫队第12“阿道夫·希特勒青年团”装甲师的新兵。当月，经过修整补充后的LSSAH师拥有19691或21386名官兵（可以确定是军官有208人，士官2234人），45门自行火炮，50辆Panzer IV型坦克，38辆豹式坦克和29辆虎式坦克。。当盟军在挪曼底登陆后，该师冒着盟军的轰炸机的狂轰烂炸从比利时紧急开赴法国卡昂（Caen），准备随同第116装甲师、第二装甲师、“帝国师”、第17党卫军装甲掷弹师“伯利欣根师”一起在保罗·豪塞尔指挥下抵抗美军的攻势。
当时该师暂配属在第12党卫军装甲师“希特勒青年”师（由“装甲”梅耶指挥）的第101党卫军装甲营装备了德军在挪曼底唯一的“虎式”坦克部队。1944年6月13日，该营第二连连长、SS二级突击队中队长米希尔·魏特曼（Michael Wittmann）单枪匹马奇袭英军占据的波卡基村( Villers-Bocage )，击毁英军27辆坦克以及若干其他车辆，创造了一次坦克战的经典战例。
党卫军突击队大队长（上尉）米切尔·魏特曼是二战中最著名的坦克车长，他共击毁138辆坦克和132门反坦克炮但英国皇家空军却没有放过地面任何一辆移动的德军坦克，第254“猎鹰”中队飓风战斗机使用空地火箭弹大批杀伤德军坦克。这大大阻滞了第一党卫军装甲师的前进。直到7月，该师才总算抵达战区。
阿登反击
虽然挪曼底地区的德军顽强抵抗，但正像隆美尔所预言的：如果第一道防线即海滩不能阻止盟军登陆，那其后使用预备队的反击毫无意义。在法莱斯地区，盟军以小股部队为饵，诱使德军深入。意识到中计的德军开始后撤，但已经晚了，法莱斯包围圈已经形成，德军在法国的主力部队被歼灭。1944年8月29日LSSAH师被打散，1944年9月1日f，LSSAH师已损失了全部坦克及火炮。好不容易逃出的第一党卫军装甲师撤入德国本土的齐格菲防线休整，其一部分参加了亚琛战役。
1944年12月，希特勒寄予厚望的阿登反击开始了。该师作为第六党卫军装甲军的一部分在老上司迪特里希指挥下参战。LSSAH师奉命参加阿登反击战，全师被分成4个战斗群，汉森战斗群（Kampfgruppe Hansen）桑迪格战斗群（Kampfgruppe Sandig ）克尼特尔战斗群（快速集群）（Kampfgruppe Knittel）(Schnelle Gruppe)派普战斗群（Kampfgruppe Peiper） －进攻的前锋，实力最强的战斗群。该师“派佩尔战斗团”在党卫军二级突击队大队长约阿希姆·派佩尔（Joachim Peiper）指挥下突入比利时，一直快打到缪斯河边（River Meuse） ，但随着天气放晴，“虎王”重型坦克、“在圣诞节前拿下安特卫普”的豪言壮语都比不上强大的盟军战斗轰炸机编队。24日，战斗团因补给告罄而在破坏所有车辆后退出战场。1月，阿登反击彻底失败。
“派佩尔战斗团”制造的马尔梅蒂屠杀事件被揭露。派佩尔将90名已解除武装的美军战俘押到马尔梅蒂公路旁的农场，用机枪悉数射杀。1944年12月20日，在夺取斯塔维洛特镇的战斗中，LSSAH师以协助美军为由屠杀了130名比利时平民（其中包括47名妇女，23名儿童，甚至还有9个月大的婴儿和60岁的老人）。
重返东线
在阿登反击失败后，仍归属于第六党卫军装甲集团军的该师重返东线，在匈牙利准备解救在布达佩斯被苏军所围的德军集群，作战代号“春季觉醒”，这是德军在东线发动的最后一次进攻。但这次进攻遭到了苏军两个方面军、三千辆坦克的迎头痛击，该师不得不向西撤退。
1945年2月15日，党卫队旅队长 奥托·库姆成为LSSAH师的师长。LSSAH师开赴匈牙利参加即将开始的“春醒”行动，此时全师还拥有25辆豹式坦克和21辆Panzer IV型坦克。在匈牙利格兰地区的战斗中LSSAH师遭受了重大损失，坦克数量锐减为豹式坦克11辆，Panzer IV型坦克12辆。1945年2月26日参加代号“平湖”的进攻行动，以阻止苏军进入奥地利。 “平湖”进攻行动开始。1945年3月14日希特勒获悉“平湖”进攻行动失败后大为震怒，命令LSSAH师、“帝国”师、“骷髅”师和“霍亨斯道芬”师将他们的荣誉袖标从制服上取下。时任党卫队第6装甲集团军司令官的迪特里希拒绝执行此项命令。1945年3月16日LSSAH师作为后卫掩护整个党卫队第6装甲集团军撤退。全师只剩下不到1700人和16辆坦克。
