(1)预算管理情况。事业单位的事业收入、经营收入等是事业单位的重要收入来源，事业单位收入预算中这部分收入预算的编制是否真实、科学直接影响事业计划的完成和财政、上级补助收入的确定。审计中应注意检查事业单位是否参照以前年度预算执行情况，根据预算年度收入增减因素，合理确定收入预算，有无故意低报事业、经营等收入，骗取财政、上级补助的情况，或高报上述收入，影响事业计划完成的问题。
(2)预算执行情况。预算批复和拨款到位情况；财政部门、上级主管部门是否按规定批复预算并办理拨款，有无预算批复不及时，占压拨款的情况；事业单位的各项收入是否全部入帐并按规定纳入预算管理，统一使用，有无隐瞒、转移收入的问题；经费使用情况：事业单位是否按预算和规定的用途使用经费，有无突破预算、挪用经费的问题；各项经费的使用是否严格执行国家规定的标准，有无提高开支标准，扩大开支范围，挥霍浪费等问题；专项经费是否专款专用、单独核算并向有关部门报告经费使用情况；有预算收入上缴任务的单位是否及时足额上缴应缴预算收入，有无截留挪用的问题；事业单位成本核算是否正确，有无虚增、虚减成本的问题，各项应缴税费是否及时足额缴纳。
(3)结余及专用基金管理情况。结余的形成是否真实合法，有无虚增虚减的问题；各项专用基金的提取是否符合国家规定的标准和来源渠道；专用基金的使用是否符合规定的用途，有无挤占挪用的问题。
(4)资产管理情况。大多数事业单位要组织收入，有一定程度的经营活动，这是事业单位在业务特点上与行政单位的一个重要区别。与此相适应，事业单位在资产管理的要求上与行政单位也有所不同。从资产的种类上看，表现为事业单位有无形资产和对外投资。对无形资产，审计内容主要是：无形资产的形成和计价是否真实、正确，有无虚增无形资产价值的问题；无形资产的转让是否经过资产评估，评估的程序是否合法，方法是否正确，是否存在压低转让价的问题，转让收入是否按规定计入事业收入。对对外投资，主要审计内容有：对外投资是否合法，是否经过主管部门和财政部门批准或备案；对外投资是否真实，即投出款项是否确实用于预定用途，必要时应向被投资单位核实；以有形资产、无形资产对外投资的，是否按规定进行评估，确定投资价值，有无故意压低投资价值，侵占国有资产的情况。另外，事业单位将资产用于经营活动的，还应核算资产的使用成本，并与经营收入相配比。
(5)往来款项管理情况。往来款项指事业单位的债权、债务。往来款项是否真实、合法，核算是否正确，直接影响到事业单位财务报告的真实性，审计中应重点审查往来款项是否合法，有无挪用事业经费、专项资金或违规拆借资金等问题；
往来款项是否真实存在，有无虚列债权债务的问题，必要时应向对方单位查询；审计中还应对往来款的结算情况进行检查，督促事业单位及时催收到期债权，按期偿付债务。事业单位的负债，还包括事业单位收取的、应上缴财政预算的资金和应上缴财政专户的预算外资金、应缴税金及其他应上缴的款项，审计中应重点检查事业单位是否及时足额上缴，有无截留挪用的问题。
(6)经费使用效益。事业单位的效益可分为经济效益和社会效益。由于相当一部分事业单位主要从事物质生产活动，总的来看，对事业单位效益的评价，要比行政单位更侧重于经济效益方面。但由于事业单位在根本上是非盈利性的服务性组织，社会效益仍然是评价其效益的主要内容。对事业单位经费使用效益的评价，主要有以下内容：一是事业计划的完成情况，即事业单位是否完成了事业任务，完成情况的好坏；二是事业单位业务活动对其本身产生的经济效益，即所谓“一次效益”，主要用投入产出比来衡量；三是事业单位业务活动产生的社会效果，即“二次效益”，如某一科研项目在社会上发挥的作用，教育经费的使用为公众提供的教育服务等；四是经费的使用是否合理节约，是否存在损失浪费的问题。
(7)财务报告和财务分析。事业单位的财务报告和财务分析，只是在报表种类、具体的编制方法和分析指标上与行政单位有所不同，在此不再介绍。
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