自动离职用人单位应当结清工资，但劳动者应赔偿损失。
劳动者自动离职，即不告而别，是违法解除劳动合同，按《劳动合同法》第九十条、劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔1996〕354号）第18条规定，造成用人单位损失的，应当承担赔偿责任。
工资是用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬，按劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位应当按劳动者出勤结清工资。
结清工资和赔偿损失应当分别计算、合并结算。
《劳动合同法》
第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
劳动部
《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》
劳部发〔1996〕354号
18．职工解除劳动合同，应当严格按照《劳动法》的规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》承担赔偿责任。
《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
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