随着生信分析的不断进步,探索多种研究套路愈发丰富。在泛组织研究中,除运用传统箱线图展示特定基因或特征的表达分布外,使用创新方法呈现数据变得尤为重要。gganatogram包,一个专门用于快速绘制各种解剖图的R包,于2018年首次发布,它不仅能够绘制不同生物的解剖模型,还能通过给组织着色直观展示结果。
接下来,我们将详细演示如何运用gganatogram包绘制相关模型展示图。
为了使用gganatogram包,首先需要从GitHub上下载并安装它。确保已安装ggplot2包和ggpolypath包,以便顺利使用gganatogram的功能。
利用gganatogram包内置数据集,如hgMale_key和hgFemale_key,可以绘制人体解剖图谱。通过指定参数,如`data`、`fillOutline`和`organism`,我们可以生成展示男性和女性解剖图的直观图像。在结果图中,器官颜色根据输入数据集中的对应值填充,清晰区分男女差异。
进一步地,通过调整参数`fill`,我们可以根据器官的表达值修改解剖图的颜色,直观展示基因或特征在人体各部位的整体分布情况。
除了全局表达图,我们还可以对特定器官进行详细分析。通过构建包含不同器官表达值的数据框,我们可以选择感兴趣的器官,并使用gganatogram包绘制作图。这不仅展示了器官的类别和顺序,还能对器官颜色进行个性化设定,增强图示的详细性和直观性。
gganatogram包不仅限于人体解剖,还支持绘制其他生物的解剖模型,如鼠、细胞、牛、植物等,满足不同研究领域的需求。
对于非编程用户,gganatogram包还提供了易于使用的shiny app,无需编写代码即可快速生成解剖图。通过选择物种、设置展示轮廓、调整颜色填充,用户可以快速完成绘制过程。
gganatogram包作为R语言的一个强大工具,通过其直观的可视化能力,为生信分析提供了新的视角。无论是绘制人体解剖图谱、特定器官的表达图,还是展示不同生物的解剖模型,gganatogram都能满足科研人员的需求,帮助他们更深入地理解数据,发现研究亮点。