财政专项扶贫资金管理办法的第三章详细规定了资金的使用与拨付。首先，各地需依据国家扶贫政策和本地实际情况，围绕减贫目标，灵活运用资金。这包括支持特色优势产业的发展，如种植业、养殖业、民族手工业和乡村旅游业，以及通过技术引进和改良提升农业生产。资金还将用于改善农村贫困地区的基础设施，如小型生产设施、饮水安全设施和道路建设，以及危房改造和易地扶贫搬迁等民生项目。
在资金使用上，有重点地对农村扶贫对象进行职业教育和实用技术培训，以提高就业能力和生产效率。同时，资金会帮助解决农村扶贫对象的资金短缺问题，通过建立村级发展互助资金和扶贫贷款贴息等方式给予支持。在项目管理上，财政专项扶贫资金和中央财政专项扶贫资金项目管理费的提取和使用有明确的规则，不得用于非扶贫相关的支出，如行政事业单位基本支出、奖金福利等。
中央财政会根据地方扶贫资金规模提取项目管理费，其中90%以上会分配到县级使用，专门用于扶贫规划、评估和管理等事务。地方财政部门可根据需要自行决定是否提取以及提取比例。财政专项扶贫资金的使用强调引导作用，鼓励资金整合和集中使用，以提升资金效益。
资金的拨付流程中，财政部在国务院批准年度分配方案后，将中央专项扶贫资金拨付给省级财政部门，然后省级财政部门会迅速下拨到县级，并上报财政部。对于涉及政府采购的部分，必须遵循相关法规。各级财政部门需按照国库管理制度进行支付，确保资金的及时有效使用。
《财政专项扶贫资金管理办法》于2011年11月7日由财政部、国家发展改革委、国务院扶贫办以财农〔2011〕412号印发。该《办法》分总则、资金预算与分配、资金使用与拨付、资金管理与监督、附则5章31条，自2012年1月1日起执行。2000年5月30日印发的《财政部、国务院扶贫开发领导小组、国家发展计划委员会关于印发〈财政扶贫资金管理办法〉（试行）和〈财政扶贫项目管理费管理办法〉（试行）的通知》（财农字〔2000〕18号）予以废止。