南越国遗址的挖掘工作揭示出丰富的历史遗迹，给博物馆的规划带来了挑战。昨日，博物馆筹建处常务副主任吴凌云向媒体详细介绍了博物馆的内部设计策略，旨在整理和呈现这些宝贵的文化遗产。
博物馆的入口是遗址保护主楼，观众将立刻置身于两千年前南越王皇家生活的场景中，即南越王宫博物馆的花园遗址。步入二楼，观众可以亲历复原后的园林景观，领略古代皇家园林的韵味。接着，参观者会经过一号宫殿，途径二号宫殿的现场模拟展示区，目睹考古人员正在进行的文物挖掘和清理过程，直观感受考古工作的生动现场。
离开宫殿区，游客会步入展示广州水井文化的“南国砖井”，这处建筑以“饮水思源”为主题，让观众了解广州水井的历史文化。在博物馆的主体陈列区，沿着一千年前南汉国宫殿走廊，大量的珍贵文物和图片将被精心呈现，其中包括《走进南越王宫》、《步入南汉兴王府》和《名城广州两千年》三个主题展。通过现代科技手段，如声、光、电的结合，以及实物砖瓦木石，如“万岁”瓦当和“蕃”字池壁，使观众对南越国和南汉国的历史有更深的直观认识。
越王宫署遗址位于广州市中山四路，保护面积约5.3万平方米，是广东省唯一一处被列入国家“十一五”期间重点保护的大遗址项目。遗址于1996年被国务院公布为第四批全国重点文物保护单位。2006年12月被列入中国世界文化遗产预备名单。