中华人民共和国进出境动植物检疫法的第六章，详细规定了运输工具在进出境过程中的检疫程序。
首先，对于来自动植物疫区的船舶、飞机和火车，当它们抵达口岸时，口岸的动植物检疫机关会进行严格的检疫检查，以确保无第十八条名录中的病虫害风险（第三十四条）。一旦发现这类病虫害，运输工具将被禁止带离，可能需要进行除害、封存或销毁处理。
其次，针对进境的车辆，口岸动植物检疫机关会实施防疫消毒措施，以防止病虫害的传播（第三十五条）。
在运输工具上，无论是泔水还是动植物性废弃物，都必须按照口岸动植物检疫机关的规定进行处理，严禁随意丢弃（第三十六条）。
对于出境的动植物、产品和其他检疫物，装载的运输工具必须严格遵守动植物检疫和防疫规定，确保无检疫风险（第三十七条）。
最后，进境的废旧船舶，如用于拆船，也会由口岸动植物检疫机关实施检疫。若发现存在名录中的病虫害，将进行除害处理（第三十八条）。
为防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物（以下简称病虫害）传入、传出国境，保护农、林、牧、渔业生产和人体健康，促进对外经济贸易的发展，制定本法。