主要区别是，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、结构胶
结构胶是一种强度高、能承受较大荷载，且耐老化、耐疲劳、耐腐蚀的胶粘剂。它能在预期寿命内保持性能稳定，适用于承受强力的结构件粘接。
2、密封胶
密封胶是一种可以根据密封面形状而变形的密封材料，不易流淌且有一定粘结性。它用于填充构形间隙，起到密封作用。
二、特点不同
1、结构胶
结构胶的强度高、抗剥离、耐冲击，施工工艺简便。它可以替代传统的焊接、铆接、螺栓连接等连接形式，使结合面应力分布均匀，对零件无热影响和变形。
2、密封胶
①、柔软弹性密封胶
具有优异的耐候性、化学稳定性，可耐腐蚀，可吸收热胀冷缩产生的应力而不会开裂，而且软硬度适中，弹性恢复好。
②、包装用密封胶
根据密封材料的形态和使用方式，大致可分为3类：垫圈密封、胶带密封和胶体密封。均能达到防止液体泄漏、阻隔氧气、湿气、异味进入等效果。
三、应用不同
1、结构胶
主要用于构件的加固、锚固、粘接、修补等。例如粘钢、粘碳纤维、孔洞修补、道钉粘贴等。
2、密封胶
广泛应用于建筑、交通运输、电子仪器仪表及零部件的密封。