本科基本所有专业都会设在新校区，旧校区主要是一些自考，成考和部分研究生和下临床的本科生。
新校区在闽侯大学城，面积大，建筑新，设施机构相对比较全。旧校区在台江区交通路，和附属第一医院一墙之隔，是重要的临床学习。
临床7年制之所以要在福大先读一年,是因为,福建医科大学目前还只是本2院校,但是7年制是本一专业,所以7年制的一些基础性学科,如数学什么的需要在本1院校就读,这样才符合它本1的概念。
学校拥有国家重点学科培育建设学科1个，国家临床重点专科10个，省级临床重点专科21个，国家中医药管理局重点专科1个，省中医、中西医结合重点专科1个，省“211工程”重点学科2个，省特色重点学科4个，省级重点学科9个。