出现化脓性扁桃体炎时通常采取抗生素治疗，例如：青霉素、头孢曲松、氧氟沙星等，一般来说三天左右即可得到有效缓解。
不过抗生素的使用必须的医生的指导下进行，因为部分抗生素带来的副作用会影响到小孩的生长发育，例如：18岁以下儿童禁止使用左氧氟沙星，否则会抑制骨骼的正常发育。
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化脓性扁桃体炎的经络传感主要是肺经和肾经，所以中医中可以采用针刺泄肾经和肺经的穴位取得较快的治疗效果，常刺穴位包括：筑宾穴、太溪穴、少商穴、商阳穴，一般来说针刺后可以立刻止痛，数小时后可以退热。
筑宾穴：在小腿内侧，当太溪穴与阴谷穴的连线上，太溪穴上5寸，腓肠肌肌腹的内下方。此穴可以散热降温。
太溪穴：太溪穴位于足内侧，内踝后方与脚跟骨筋腱之间的凹陷处，此穴可以滋阴益肾，壮阳强腰。
少商穴：少商穴位于拇指桡侧指甲角旁0.1寸。常用于治疗肺炎、扁桃体炎、中风、昏迷、精神分裂症等。
商阳穴：该穴位于人体的手食指末节桡侧，距指甲角0.1寸。主要治疗耳聋，齿痛，咽喉肿痛，颌肿，青盲，手指麻木，热病，昏迷等疾病。
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化脓性扁桃体炎通常有高热、全身酸痛的症状，这个时候可以使用解热镇痛的药物治疗，这类药物既能够解热镇痛，有对抗菌有一定的作用。
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如果扁桃体化脓频繁发作，且扁桃体肥大时影响到了正常的呼吸和吞咽功能，或者引起了肾小球肾炎、心肌炎、关节炎等并发症，建议对扁桃体采取切除治疗，这样既能够使扁桃体化脓得到较快的治疗，又能够防止扁桃体化脓反复发作。