一、机构性质不同
中国科学院为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。是国家在科学技术方面的最高咨询机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询。
中国工程院是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，国务院直属事业单位。具有很高的工程科学技术水平和在国际上享有良好声誉，对中国工程科学技术事业发展做出贡献或在促进我国工程科学技术界国际交往方面有重要作用的外国籍专家、可被提名并当选为中国工程院外籍院士。
二、科学成就不同
中国科学院提出了建设国家创新体系的构想，先后实施知识创新工程、“创新2020”、《“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050：科学技术与中国的未来》等战略研究报告。
中国工程院先后开展联合培养博士生试点工作，实施了教育部工程科技人才培养研究专项、工程科技人才培养课题研究、举办国际工程科技发展战略高端论坛等论坛会议。在工程科学技术方面作出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派，品行端正。
三、文化精神不同
中国科学院战文化精神：面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登世界科技高峰，为中国经济建设、国家安全和社会可持续发展不断作出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献。
中国工程院按照“服务决策、适度超前”的原则，以服务党和政府决策为宗旨，以工程科技战略咨询为主攻方向，统筹协调科技服务、学术引领、人才培养，坚持高起点推进、高水平建设，着力建设“创新引领、国家倚重、社会信任、国际知名”的高水平科技创新智库。
扩展资料：
中国科学院办院方针
作为国家科研机构，中科院在历史上的不同发展时期，曾先后提出过5个办院方针：
第一个：按人民政协共同纲领规定的文教政策，改革过去的科研机构，以期培养科学建设人才，使科学研究真正能够服务于国家的工业、农业、保健和国防事业的建设。
第二个：侧重基础，侧重提高，为国民经济和国防建设服务。
第三个：大力加强应用研究，积极而有选择地参加发展工作，继续重视基础研究。
第四个：把主要力量动员和组织到为国民经济和社会发展服务的主战场，同时保持一支精干力量从事基础研究和高技术创新。
第五个：面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登世界科技高峰，为中国经济建设、国家安全和社会可持续发展不断作出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献。
第六个：面向世界科技前沿，面向国家重大需求，面向国民经济主战场，率先实现科学技术跨越发展，率先建成国家创新人才高地，率先建成国家高水平科技智库，率先建设国际一流科研机构。
参考资料来源：百度百科-中国科学院
参考资料来源：百度百科-中国工程院
中国工程院的前身是中国科学院技术科学部，成立于1994年，是国内工程技术科学的最高咨询机构（社科院和工程院都是从中科院分离出来的）。中国工程院并不像中国科学院那样有庞大的实体，而是由机关、院士大会、主席团、学部、咨询机构、附设机构组成的，它不设分院，不设研究所，没有院属大学，不培养研究生，相对于科学院来说，工程院是一个有点“虚化”的机构，工程院具有院士评审资格，由中国工程院评选的院士称为中国工程院院士，是国内工程技术领域最高学术称号。