经过审查认为甲犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚,于是做出免于起诉的决定。被害人不服向人民法院刑事自诉。人民法院一开始不予受理。要求被害人向向上级人民检察院提出申诉。被害人只好向上级人民检察院提出申诉。上级人民检察院经过复查,将免于起诉决定改为不起诉决定。被害人接到不起诉决定书后,再向法院提起诉讼。这次法院受理了案件。依照简易程序对案件进行了审理。在法庭审理过程中,审判长组织双方当事人进行了调解,并最终达成协议。问此案件在处理的诉讼程序上存在哪些问题??