1912年2月12日，宣统退位，袁世凯继位大总统，但袁世凯不愿意到南京就职，因此南京的议员们不得不同意政府迁往北京。8月25日，在宋教仁的努力奔波下，同盟会与其他几个团体改组成为国民党，准备参加第一届中国国会两院议员大选。
1913年1月10日，袁世凯下达正式国会召集令，命令所有当选的参众议员，于同年3月齐集北京，作为在大选中胜利的国民党代表，宋教仁应袁世凯之邀。3月20日，宋教仁及前来送别的国民党重要人物黄兴、于右任等到达车站，当宋教仁在大家的簇拥下走向检票口时，一声沉闷的枪响过后，宋教仁捂住腹部，痛苦地说道：“我中枪了。”宋教仁被刺杀。
黄兴等人护送宋教仁到车站外，拦住一辆车，由于右任送宋教仁到沪宁铁路医院，击中宋教仁的子弹从他的右肋穿到腹下部，伤及小腹及大肠。医生给宋教仁做了第一次手术之后没有效果，医生们又给宋教仁做二次手术，除了缝补大肠的穿孔外，发现他的肾脏也受到伤害，大小便失禁，流血不止。3月22日凌晨，宋教仁不治身亡。
宋教仁遇刺案瞬间成为了当时的焦点，1913年3月21日，袁世凯得知宋教仁遇刺的消息后，当即发来慰问电报，并且在发给江苏都督程德全等人的电报中明确要求：“立悬重赏，限期破获，按法重惩。一面由该交涉使、县知事亲莅医院慰问宋君，切劝静心调治，以期速愈。”宋教仁于3月22日凌晨去世后，袁世凯复电陈贻范说：“……责成江苏都督、民政长迅缉真凶，穷追主名，务得确情，按法严办，以维国纪而慰英魂。
不久抓获了一名不明身份的男子，这名男子叫武士英，被当时在刺杀现场的人认出就是凶手。而且有人举报上海滩大名鼎鼎的黑帮人物应桂馨，曾经有买凶杀宋教仁的计划，并在应桂馨家发现大量秘密电报，竟是由当时担任袁世凯临时政府的总理赵秉钧及内务部秘书洪述祖发来。还有就是黄兴也与应桂馨有大量电报往来，洪述祖的电报内容，主要是以如何对付宋教仁为主，里面有“毁宋”的文字，提到在日本找到了宋、孙、黄等人的劣迹。而与黄兴的电文，则是帮黄兴打理钱财。
通过调查的线索，矛头直接指向袁世凯临时政府的总理赵秉钧及内务部秘书洪述祖，那么他们是不是袁世凯所致使的呢？宋教仁案是否有其它的内幕呢？
1913年3月31日下午，公共租界会审公廨第一次开庭预审，后面有联系6次开庭，但是宋教仁案经过会审公廨连续七次的依法预审，遗留下来的最大疑点和盲点，就在于原、被告双方配合默契地避免了武士英与应桂馨的当庭对质。这样也使得一桩并不复杂的暗杀凶案，只要把已经抓捕归案的武士英、应桂馨、陈玉生，以及参与或见证暗杀活动的吴乃文、拓鲁生、王阿发等人拉到一起当庭对质，便可以真相大白。但是没有这样做，致使这件案件成为了悬案。
针对网络上的几个说法，我们可看看哪一种可信。
首先是宋教仁死于袁世凯之手
，因为宋教仁组建的国民党很有可能成为当时的执政党，而总统临时约法又会限制袁世凯的权利，限制的机构就是政党议会，所以宋教仁冲击了袁世凯的利益，袁世凯就要杀死宋教仁。
但是这个中说法存在几个疑点，第一当时国民政府在北京，是袁世凯的老巢，袁世凯权谋之术能被议会约束的可能性有多大；第二当时的约法是临时约法，随时都可以取消，只要袁世凯颁布一个正式的法律，而政府搬迁到北京之后，法律内容走向也必然朝着袁世凯有利的方向发展，袁世凯大可不必着急。所以总的来说宋教仁不是袁世凯最大的敌人，而宋教仁被杀的最大得益者自然也不是袁世凯，所以袁世凯刺杀宋教仁的可能性不大。
第二种说法是孙中山暗杀。因为孙中山与宋教仁在国民党组建上面存在很大的意见分歧，两者之间有矛盾，并且同盟会是一个暗杀成风的组织，所以有人就猜测是孙中山谋杀的宋教仁。
这种说法同样存在一些疑点，首先是同盟会就是一个刺客很多的组织，为什么孙中山需要同应桂馨等人联系，而不是派遣一些自己的内部人员进行，要知道孙中山的死党很多。其次孙中山与宋教仁虽然有矛盾，但是黄兴与宋教仁没有，若是孙中山要刺杀宋教仁，为何还有黄兴在里面联系，这显然说不通。
所以孙中山刺杀宋教仁的说法也不成立，但是必须说孙中山等国民党利用了此次宋教仁被刺杀的案件，他们使用这次案件勾践了反袁同盟，将所有罪责推向袁世凯，给他们第二次革命创造契机。
第三种说法是赵秉钧暗杀。
赵秉钧时任北京政政府的总理，并且有直接与应桂馨联系的邮件，所以他直接指挥应桂馨买凶杀人的证据链是完整的，并且由于宋教仁北上之后，很有可能担任政府总理，直接取代赵秉钧，两者之间有利益冲突，赵秉钧有杀人动机。
赵秉钧刺杀宋教仁的可能性最大，因为赵秉钧作为北洋人员，对权利都是看的非常重，现在宋教仁成为了他最大的威胁，所以为了除去这个威胁，除去宋教仁的可能性非常大。
那么宋教仁被暗杀的原因就很有可能是赵秉钧担心宋教仁威胁其内阁总理的职位。