2012年末全市拥有博物馆45座，14个综合档案馆向社会开放档案29.5万卷（件）。[42]2007年末全市共有文化馆16个，公共图书馆18个，公共图书馆总藏量12147.9千册。
部分文化场馆
南京博物院（中国第二大博物馆、国家一级博物馆）
江苏省美术馆
南京大屠杀遇难同胞纪念馆（国家一级博物馆）
中山植物园
南京市博物馆
六朝博物馆
中国科举博物馆
孙中山纪念馆
江宁织造博物馆
中国近代史博物馆
南京民俗博物馆
东晋历史文化博物馆
中国北极阁气象博物馆
江南贡院陈列馆
南京市明城垣史博物馆
紫金山天文历史博物馆
雨花台烈士纪念馆
南京云锦博物馆
溧水县博物馆
南京渡江胜利纪念馆
南京地质博物馆
南京市江宁区博物馆
太平天国历史博物馆
南京龟鳖博物馆
江宁中国金箔博物馆
八路军驻京办事处纪念馆
南京地震科学馆
龚贤纪念馆
中共代表团梅园新村纪念馆
南京古生物博物馆
鲁迅纪念馆
南京地质学校地质陈列馆
南京雨花石博物馆
林散之纪念馆
拉贝与国际安全区纪念馆
南京航空航天博物馆
傅抱石纪念馆
静海寺《南京条约》史料陈列馆
南京市科教蝴蝶博物馆
王荷波纪念馆
南京长风堂博物馆
南京抗日航空烈士纪念馆
文心雕龙纪念馆
明孝陵博物馆
南京陶行知纪念馆
部分高校博物馆
中华农业文明博物馆
中华指纹博物馆
南京大学校史博物馆
南京大学地球科学博物馆
南京理工大学兵器博物馆
审计文化与教育博物馆
南京大学考古与艺术博物馆
南京大学赛珍珠纪念馆
国家一级图书馆
南京图书馆（中国第三大图书馆，亚洲第四大图书馆）
金陵图书馆
南京市鼓楼区图书馆
南京市白下区图书馆
南京市建邺区图书馆
南京市浦口区图书馆
南京市秦淮区图书馆
南京市江宁区图书馆
南京市玄武区少年儿童图书馆
南京市六合区第二图书馆
高淳区图书馆
溧水区图书馆
溧水区儿童图书馆
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