至2013年，巫山县辖2个街道、11个镇、13个乡。
高唐街道
高唐街道位于巫山县中部，大宁河与长江交汇处。2011年成立。面积5.221平方千米。辖11个社区。G42高速、S103公路穿境而过。
龙门街道
龙门街道位于巫山县中部，大宁河与长江交汇处。2011年成立。面积16.169平方千米。辖1个社区、3个行政村。G42高速、S103公路穿境而过。
巫峡镇
巫峡镇位于巫山县中部。面积172.5平方千米。辖1个社区、18个行政村。县政府驻地。
双龙镇
双龙镇位于巫山县中北部。三峡工程移民搬迁镇。面积141.99平方千米。辖1个社区、20个行政村。巫（山）（巫）溪公路过境。大宁河纵贯镇境。景点有大宁河中的巴雾峡、滴翠峡和小小三峡。
大昌镇
大昌镇位于巫山县北部。三峡工程移民搬迁镇。面积188.8平方千米。辖4个社区、29个行政村。大昌古城为省级重点文物保护单位。
龙溪镇
龙溪镇位于巫山县西北部。面积72平方千米。辖1个社区、13个行政村。公路与巫（山）（巫）溪公路相连。
官阳镇
官阳镇位于巫山县北部。面积118.47平方千米。辖1个社区、13个行政村。县道巫（峡）官（阳）公路过境。
骡坪镇
骡坪镇位于巫山县东北部。面积159.4平方千米。辖1个社区、17个行政村。S103巫（山）巴（东）公路过境。
抱龙镇
抱龙镇位于巫山县东南部。面积148.13平方千米。辖1个社区、17个行政村。景点有巫山十二峰中的聚鹤、翠屏、净坛、上升四峰奇景。
官渡镇
官渡镇位于巫山县南部。面积202.58平方千米。辖1个社区、27个行政村。巫（山）巴（东）公路过境。
铜鼓镇
铜鼓镇位于巫山县西南部。面积90.14平方千米。辖1个社区、11个行政村。巫（山）奉（节）公路过境。
庙宇镇
庙宇镇位于巫山县西南部。面积142.88平方千米。辖2个社区、18个行政村。巫（山）建（始）公路过境。
福田镇
福田镇位于巫山西北部。面积123.78平方千米。辖1个社区、21个行政村。巫（山）（巫）溪公路过境。
两坪乡
两坪乡位于巫山县中部，长江北岸。面积130.90平方千米。辖11个行政村。S103巫（山）巴（东）公路过境。
建平乡
建平乡位于巫山县中部偏东。面积104.94平方千米。辖8个行政村。
曲尺乡
曲尺乡位于巫山县西部。三峡工程移民搬迁乡。面积117平方千米。辖1个社区、10个行政村。长江横贯乡境。
金坪乡
金坪乡位于巫山县中北部。面积48平方千米。辖5个行政村。公路与巫（山）（巫）溪公路连接。
大溪乡
大溪乡位于巫山县西部，长江三峡的瞿塘峡口。三峡工程移民搬迁乡。面积76平方千米。辖6个行政村。古迹有大溪文化遗址、古骡马驿道、古石拱桥、清代贞节牌坊墓碑群、明朝大将军康茂才碑刻等，景点有错开峡景区、桃花山、乌云顶等。
平河乡
平河乡位于巫山县北部。面积133.81平方千米。辖9个行政村。公路与县道巫（峡）官（阳）公路连接。
当阳乡
当阳乡位于巫山县北部。面积109平方千米。辖6个行政村。公路与县道巫（峡）官（阳）公路连接。
三溪乡
三溪乡位于巫山县东部，东与湖北省巴东县接壤。面积106.96平方千米。辖18个行政村。巫（山）巴（东）公路过境。
竹贤乡
竹贤乡（已改为镇）位于巫山县东北部。面积90平方千米。辖6个行政村。公路与巫（山）巴（东）公路连接。
笃坪乡
笃坪乡位于巫山县东南部，与湖北省巴东县接壤。面积123.25平方千米。辖10个行政村。巫（山）建（始）公路过境。
培石乡
培石乡位于巫山县东南部，濒临长江南岸。三峡工程移民搬迁乡。面积49平方千米。辖5个行政村。长江三峡中的巫峡在境内。
邓家土家族乡
邓家土家族乡位于巫山县东南部，与湖北省巴东县、建始县接壤。面积58平方千米。辖5个行政村。巫（山）建（始）公路过境。
红椿土家族乡
红椿土家族乡位于巫山县西南部。面积75平方千米。辖5个行政村。公路与巫（山）建（始）公路连接。
