因而易被绿色霉菌破坏，部分根霉、毛霉和少数脉孢菌也受到污染。小球藻、毛霉和根霉常出现在菌袋接种点附近，或接种后9 ~ 10天出现在两点交界处，出现在菌丝前端，也出现在菌袋壁。子实体上也发生绿霉病，使穗腐烂。链霉菌通常出现在袋口的接缝处。杂菌污染的主要原因是袋不全、无菌操作不严、袋膜破损、细菌不纯或环境污染。净化菇房环境：定期清理环境，撒石灰粉。栽培前，蘑菇房应严格消除污染源。棉籽壳和麦麸应无结块、霉变和变质，并暴露在烈日下。提前检查栽培袋的质量。培养料含水量不超过60%，装袋蒸煮时限不超过6小时，防止料变酸。要求在100℃保温24小时，中间不降温。
接种室彻底。选择合格的药剂、喷洒空间、床和场地。春季栽培银耳菌种，要求香灰的菌丝要结实，以免接种后低温掉灰，影响长穗。被杂菌破坏的污染袋应区别对待。对于轻度污染，应采用装袋和打结的方法控制传播，然后接种疫苗。从污染严重的破袋中取料，加入1%~2%的石灰水，搅拌均匀，堆放24小时，摊晾，下次重复使用。子实体被绿色霉菌污染，要提前采收，穗基要用pH值为8的石灰水清液擦拭，控制蔓延。由于其湿度大，容易长霉，出芽早，过早老化，所以在接种前要继续在太阳下站一段时间。银耳的种类和接种方法与黑木耳相似，这里不再赘述。但一般不会像木耳那样接种纯孢子液。接种孔和行距应比木耳密，行距3~4厘米，孔距7~8厘米。最好横向排列。两端横截面也可以分别连一个孔，距离可以根据木材和木材的厚度进行调整。
适当密植可以使菌丝尽快在木材中生长，提早出来；银耳基本生长在接种孔上，而不是像木耳那样生长在整株木材上，这样也可以增加出耳量。但接种不宜过密，浪费菌种，造成生长的银穗变形小。孔的直径为1厘米，深度为1.5厘米，使接种菌株数量更多，定殖产卵更快，出穗时原基大，子实体花形也大。树枝和木块的株应敲紧、敲平，不应有凹凸，便于摘穗。银耳子实体发生生长时，穗木要保持一定的含水量，当空气相对湿度在90%以上时，银耳生长健康、迅速，色泽洁白、大。过湿的穗木会影响菌丝生长，穗基易腐；如果空气湿度过低，银耳会收缩变黄，打不开，导致耳朵僵硬。湿度应根据气候、穗木的干湿情况进行调节，喷洒适量的水，保持湿度，清洗干净，喷洒时应经常轻喷，晴天温度高时每天喷洒3~5次，水分充足时增加到6~7次，阴天喷洒少，雨天不喷洒，多喷洒在耳朵上，少喷洒在耳朵上，耳朵透明，边缘不收缩，说明水是合适的。
高温季节，夜间气温较低，银耳生长较快，晚上在空间和耳木上多喷水为宜。在耳木上喷水，注意耳尖不要进水，以免烂耳。如果穗木表面喷水后不干燥，长时间有水迹，说明穗木含水量过多，应暂停或减少喷水。另外，如果穗木较厚，树皮较厚，质地疏松，保水性好，就要少喷；穗木小，树皮薄而硬。如果很难保湿，就要轻喷，勤喷。摘穗前2~3天可多喷水，促进子实体快速生长。摘穗后应停水1~2天，使干湿有间隙，使菌丝生长与子实体的发生生长相结合，防止伤口感染，减少穗腐。喷水时，应经常上下翻动穗木，并更换穗木的中部和两侧，使湿度均匀。
2、精选原辅料：棉籽壳、麦麸要求无结块、无霉烂变质，并置于烈日曝晒。栽培袋事前检测质量。
3、规范菌袋生产：培养料含水量不能超过60%，装袋上灶时限不能超过6小时，防止料变酸。要求保持100℃24小时，中途不降温。
4、坚持无菌操作：接种室彻底。选用合格剂，喷洒空间、架床和场地。
5、精选菌种：春季培育银耳菌种要求香灰菌丝强些，避免接种后遇低温退灰，影响长耳。