银杏根系垂直分布的情况随土层厚度、质地、地下水位和栽培情况而异。用1～2年生播种苗栽植，根的垂直分布较深，有的大树主根可深达5米；用扦插苗栽植，由粗壮侧根代替主根，根的垂直分布较浅，一般在1.5～3.5米。但是，根系主要集中分布20～60厘米的土层。
银杏根量大，分枝多，Ⅰ级、Ⅱ级侧根伸展，50年以上的大银杏树，根系集中在离主干3～5米的范围，随着树龄的增长，水平分布范围也随之扩大，银杏的水平侧根比主根长，一般为树冠冠幅半径的1.8～2.5倍。江苏泰兴市长生乡1株600年生的雌树，树高约26米，而根系水平分布都在28～30米；湖南洞口县大屋乡1200年生的古银杏，树高52米，根系垂直分布20多米，水平分布达500多米，但根量主要集中在距树干5～8米。银杏根幅与冠幅之比，随树龄和立地条件的不同而变化，幼树为（1.4～1.7）∶1，进入盛果期后，根冠比为（0.9～1.2）∶1。由于银杏根系分布范围大，所以，营造银杏林时，应选择深厚疏松的土壤。