人类是淋球菌的唯一天然宿主，主要侵犯黏膜，尤其对单层柱状上皮和移行上皮所形成的黏膜有亲和力。感染后淋菌侵入男性前尿道、女性尿道及宫颈等处，由于其表面的菌毛含有粘附因子，因而粘附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，并沿生殖道上行，通过柱状上皮细胞的吞噬作用而进入细胞内繁殖，导致细胞溶解破裂，淋球菌遂被排至细胞外的黏膜下层。淋球菌内毒素及淋菌表面外膜产生的脂多糖与补体结合产生一种化学毒素，能诱导中性粒细胞聚集和吞噬，引起局部急性炎症，出现充血、水肿、化脓和疼痛。当细菌进入尿道腺体和隐窝后，腺管开口及隐窝被阻塞，潜藏的细菌成为慢性淋病的主要病灶。