刺身最常用的材料是鱼，多数是海鱼。常见的是金枪鱼、鲑鱼（三文鱼）、鲷鱼、比目鱼、鲣鱼、多春鱼、鰤鱼、鲹鱼、鲈鱼、鲻鱼，等等；也有鲤鱼、鲫鱼等淡水鱼。
在古代，鲤鱼则是刺身的上品。还有一些特殊的海产，如章鱼、鱿鱼、墨鱼、鲸鱼也是常见的材料。鲸鱼可以片成较厚的鱼片，但章鱼、鱿鱼和墨鱼却不能片成鱼片，而是利用这些鱼自身的体形切成不算太薄的鱼块，当然也可以算成鱼片。
除了鱼片，还有整鱼，一些长不大的微型鱼，如果生吃、活吃的话，也就是一种美味的刺身。鱼肉之外，还有生鱼子，也可以成为刺身。至于香港人食用的生鱼翅，在日本人看来也是一种刺身。
日本料理一般春吃北极贝、象拔蚌、海胆（春至夏初）；夏吃鱿鱼、鲡鱼、池鱼、鲣鱼、池鱼王、剑鱼（夏末秋初）、三文鱼（夏至冬初）；秋吃花鲢（秋及冬季）、鲣鱼；冬吃八爪鱼、赤贝、带子、甜虾、鲡鱼、章红鱼、油甘鱼、金枪鱼、剑鱼（有些鱼我们国家还没有）。
寿司是日本料理的一种，主要成分就是冷的米饭，在加上一些配料沙拉酱之类的，吃寿司的方法要先喝汤暖胃，吃的过程还要吃生姜有益健康。
生鱼也是日本常见的料理，吃鱼也有很多讲究的，比如三文鱼不能冻很久不然肉质没有那么好，而目鱼就要冻一会再吃口感更好。
生鱼吃了之后一定要吃芥末，消除口腔的异味；吃烧鱼的时候，从左到右的食用，吃剩下的皮和骨头集中放到盘子的一端。
日本料理常用鱼名称如下：
鲷（diao）=たい 常见料理：鲷生鱼片（たい刺身）鲷鱼饭（たいめし）鲷鱼清汤汁泡饭（鲷茶渍け）。
烩鲷鱼杂碎（鲷のあら煮) 赤鱼鲷の矶蒸し。
章鱼=たこ常见料理： 蛸と大根の柔らか煮 蛸と大根のサラダ たこ焼き。
带鱼=たちうお 常见料理： 太刀鱼の甘酢づけ 太刀鱼塩焼き。
鲭（さば） ：青花鱼，鲐鱼
鰯（いわし）：沙丁鱼
鯵（アジ）：竹荚鱼
鲑（さけ）：大马哈鱼，三文鱼。