资源补偿费上缴中央金库后，为了体现征收补偿费的目的，既要考虑到我国现行管理体制的实际情况，又要兼顾中央与地方的利益，补偿费征收规定明确中央与省、直辖市矿产资源补偿费按照5:5的比例分成，中央与自治区的矿产资源补偿费按照4:6的比例分成。
补偿费征收规定第11条明确矿产资源补偿费纳入国家预算，实行专项管理。这表明国家为建立矿产资源补偿费制度，设立了专项收入，并提出了资源补偿费使用的原则，即主要用于矿产资源勘查，寻找新的资源。由于资源补偿费是中央与地方按分成比例单独结算，因此，补偿费征收规定第11条还明确规定中央和地方所得的矿产资源补偿费的具体使用管理办法，分别由中央有关部门和省、自治区、直辖市人民政府自行制定。
一、中央所得矿产资源补偿费的使用管理办法
财政部、地质矿产部和国家计委于1996年12月13日联合颁布了《矿产资源补偿费使用管理暂行办法》。该办法规定，中央分成所得的矿产资源补偿费，于下一年度安排使用。补偿费主要用于矿产资源勘查支出（不低于年度补偿费支出预算的70%），并适当用于矿产资源保护支出和补偿费征收部门经费补助。财政部根据预算管理规定，安排本年度矿产资源补偿费预算以及上述三项支出预算。补偿费的使用对象为中央直属的地质勘查单位、国有独立矿山企业和地矿行政管理部门。使用补偿费的单位必须严格执行国家预算和计划，并按财政部规定编报财务报表和财务决算。财政部会同主管部门负责补偿费支出的财务管理工作，并实施财政监督。三项支出如下。
1.矿产资源勘查支出
本项支出主要用于国家经济建设急需矿种和战略储备需要的重大地质普查找矿工作，但不得用于基本建设、一般性详查、勘探项目以及其他非地质项目费用。国家计委、地矿部根据财政部安排的矿产资源勘查支出预算共同组织编制矿产资源勘查项目计划。财政部根据计划和支出预算办理拨款，各主管部门及项目承担单位根据计划组织实施。
2.矿产资源保护支出
本项支出主要用于国有矿山企业为提高矿产资源开采及回收利用水平而进行的技术改造工作。该项费用由国有矿山企业向主管部门提出矿产资源保护项目经费使用申请，由主管部门报财政部核定，并实行专款专用。
3.地矿行政管理部门经费补贴
该项补贴主要用于补助地矿行政管理的工作经费及人员经费。该项经费由国务院地矿主管部门根据本部门内有关司局和各省、自治区、直辖市地质矿产主管部门上报的补助经费申请，编制地矿行政经费补助预算（附矿管经费安排情况说明）报财政部，财政部下达年度经费补助支出预算，由国务院地矿主管部门负责组织实施。
二、地方所得矿产资源补偿费的使用管理办法
地方所得的资源补偿费是指中央金库按照补偿费征收规定的比例返还省、自治区、直辖市人民政府财政的部分。具体使用办法，由省、自治区、直辖市人民政府制定。从目前全国地方的立法情况看，主要分为以下两种类型。
（1）资源补偿费征收总额较高的省（区、市），例如山东、河北、黑龙江、河南、新疆等，资源补偿费的使用在保证地质矿产管理部门行政管理工作经费的基础上，将其余部分用于该地区的地质勘查工作，保证地方矿业的可持续发展。
（2）资源补偿费征收总额较低的省（区、市），由于地方财政无力支付地质矿产管理部门的工作经费，因此，其返还的补偿费主要用于地质矿产管理部门的行政管理工作经费，使返还的补偿费在地方经济建设和地矿行政管理中发挥作用。例如，湖北省财政厅同意将1994～1996年返还的补偿费全部用于市（地）、县级人民政府地质矿产主管部门的开办和工作经费。