没有区别。根据查询无缝克隆和
同源重组的相关资料得知，无缝克隆和同源重组是没有区别的。
1、无缝克隆又叫同源重组，它可以将单个至多个片段同时插入到一个载体中，而不需要进行多次的酶切和纯化。通常情况下，无缝克隆可以在 5-15 min内完成多个片段的连接，其克隆阳性率高达 98% 以上。
2、我们在无缝克隆前进行 PCR 扩增的时候，载体与片段之间、片段与片段之间需有 15-20 碱基的一段同源序列，这是为什么呢？因为我们无缝克隆的试剂盒里面存在三种酶，分别是 T5 核酸外切酶、DNA 聚合酶、DNA 连接酶。其中 T5 核酸外切酶具有 5’-3’核酸外切酶的活性，能够将序列从 5’-3’开始降解，此时暴露出载体以及片段的3’同源序列，经过
碱基互补配对，DNA 聚合酶添加缺失碱基后由 DNA 连接酶将片段与载体进行连接，从而达到载体重组的功能。因此，如果不添加同源序列，载体与片段、片段与片段之间将无法进行连接。