眼睛疼痛多因疾病引起，治疗上以药物为主，针对病因进行治疗。
感染引起的疼痛：
结膜炎：局部使用抗感染眼液（依据结膜炎类型，抗细菌药如氧氟沙星，抗真菌药如那他霉素，抗病毒药如阿昔洛韦需等）具体应用何种药物，应严格遵从医生医嘱，忌因私自减少或增加滴眼药次数和治疗时间，以至于感染没有被彻底控制，细菌/病毒逐渐耐药的情况。如同时存在鼻部感染，则需要联合治疗鼻部疾病。
角膜炎：根据病情，使用针对性的滴眼液和/或眼膏，促进角膜糜烂处的愈合（如重组牛碱性成纤维细胞生长因子眼用凝胶），减少角膜瘢痕形成。因角膜一旦损伤很难修复，轻则遗留白色瘢痕影响生活，重者甚至穿孔造成眼内感染，所以应尽早就医，争取早发现、早治疗，并严格遵照医嘱进行治疗。
眼部本身疾病引起的疼痛：
干眼症：可以应用人工泪液，结合非甾体类抗炎药（如普拉洛芬滴眼液）综合治疗。
青光眼：可以应用降眼压眼药水（如曲伏前列素+噻吗洛尔）等，控制及治疗眼睛原本疾病，避免原有疾病继续进展恶化。
外部因素引起：因眼部激光手术、双眼皮手术等引起的疼痛，术后可使用人工泪液等药物维持正常眼表环境，注意保护伤口避免感染。
全身性疾病引起：除使用眼药缓解不适外，更重要的是需要积极治疗全身性疾病。
一般治疗：若因过度用眼引起的眼部疼痛，可使用温敷的方法缓解疼痛，具体为用温水（温热就可以，不需要过烫）弄湿干净的毛巾或面巾，再敷在眼睛上轻轻往下压，敷到毛巾变冷，如果有需要可以重复上述步骤。
在治疗的同时，可以辅助通过改正不良生活习惯，避免烟酒熬夜等，注意保护眼部卫生，不要用手揉擦眼睛。
需要注意的是，如果上面这些措施都不能缓解眼痛，或者眼痛进一步加剧了，或出现上述需要尽快就诊的情况，应及时前往医院，进一步明确病因，予以相应的治疗。