检察院不起诉不会留有案底。案底又称犯罪人员犯罪记录制度,在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录,而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。人民法院依法审判,判处有罪的,才会有案底,检察院不起诉也就不会被判决,自然不会有案底。没有法院判决就不会有犯罪记录的,检察院不起诉的案子一般都是可以不追究刑事责任或者证据不足的案子,不会有案底的。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十六条
有下列情形之一的,不追究刑事责任,已经追究的,应当撤销案件,或者不起诉,或者终止审理,或者宣告无罪:
(一)情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪,没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
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