（按秦仁昌系统排列各科）蕨类植物门 Pteridophyta
松叶蕨亚门 Psilophytina
亦称裸蕨类，这是原始的陆生植物类群。孢子体仅有假根，气生茎二叉分枝，叶为小型叶，无叶脉或仅有单一叶脉，孢子囊2～3枚聚生于枝端或叶腋，孢子同型。配子体雌雄同株，生地下，无叶绿体。大多已绝迹，现存仅松叶蕨目 Psilotales，包括2科：松叶蕨科 Psilotaceae 和梅溪蕨科 Tmesipteridaceae，共3属3种。其中梅溪蕨科仅1种，仅见于大洋洲；松叶蕨科有2种，我国仅松叶蕨 Psilotum nudum，产于西南、华南及华东地区。
松叶蕨目 Psilotales
01. 松叶蕨科 Psilotaceae
石松亚门 Lycophytina
茎干大多为二叉分歧，叶极小，有叶舌或无，螺旋状排列或4列交互对生，但都只有单一不分枝的维管束。孢子囊生于孢子叶腋，尘罩有同型（石松）和异型（卷柏）之分。现存仅石松目 Lycopodiales 和卷柏目 Selagineales，前者包括3科：石杉科 Huperziaceae、石松科 Lycopodiaceae、石葱科 Phylloglossaceae，后者仅卷柏科 Selaginellaceae，共约1000种。常见如卷柏 Selaginella tamariscina、蛇足石杉 Huperzia serrata、石松 Lycopodiastrum japonicum、灯笼草 Palhinhaea cernua、翠云草 Selaginella uncinata 等。多产于热带，有些广泛分布于温带，通常生于林下或附生树干，部分生于干旱的石壁。其中石松孢子在工业上称石松粉，为铸造工业的优良脱膜剂，或入药。
石松目 Lycopodiales
02. 石杉科 Huperziaceae
03. 石松科 Lycopodiaceae
卷柏目 Selaginellales
04. 卷柏科 Selaginellaceae
水派兄伍韭亚门 Isoephytina
水生草本，有根、茎叶的分化；具根托（属于茎），先端生不定根；茎块茎状，原生中柱，有次生生长结构；叶条形丛生，具叶舌；孢子叶有大小之分，孢子异型；配子体极度简化，有雌雄配子体之分。仅1目1科1属约60余种，即水韭目 Isoetales 水韭科 Isoetaceae 水韭属 Isoetes。我国仅3种：中华水韭 Isoetes sinensis 仅产于我国长江下游地区，可能已灭绝；宽叶水韭 Isoetes japonica 产于云南、日本及朝鲜；台湾水韭 Isoetes taiwanensis 特产于台湾。生于沼泽、沟塘淤泥中，由于人为的环境破坏，已列为国家级保护植物。
水韭目 Isoetales
05. 水韭科 Isoetaceae
楔叶亚门 Sphenophytina
植物体有根、茎叶的分化；有不定根；茎有节和节间之分，有时生块状茎，管状中柱到具节中柱，木质部内始式；叶小型，不发达，轮生成鞘状；孢子叶又称孢囊柄，孢子同型或异型；配子体具背腹性。出现于泥盆纪，繁盛于石尘或炭纪。现存仅1目1科1属，即木贼目 Equisetales 木贼科 Equisetaceae 木贼属 Equisetu，共29种。常见如问荆 Equisetum arvense 和木贼 Equisetum hiemale，前者有营养茎和生殖茎（孢子茎）之分，后者则无，另如节节草 Equisetum ramosissimum、笔管草 Hippochaete debile。多生于田边、溪沟边、路边和林缘等阴湿地方。
木贼目 Equisetales
06. 木贼科 Equisetaceae
真蕨亚门 Filicophytina
为现今最繁茂的蕨类植物，约有1万种以上，广布全世界；我国近2000种，广布全国。孢子体发达。茎除了树蕨外，均为根状茎，有各式中柱。木质部主要成分为管胞，少数具导管。叶为大型叶，幼叶拳卷状，长大后平展，分化为叶柄和叶片二部分。叶片为单叶或一至多回羽状分裂或复叶。孢子囊常聚集成孢子囊群生于叶边缘或背面，也有的生于特化了的孢子叶上，有或无囊群盖，孢子同型，一些水生真蕨的孢子囊则生于特化的孢子果内，孢子异型。
配子体为心脏形的叶状体，长宽一般不超过1厘米，绿色，有假根。精子器和颈卵器均生于腹面。根据孢子囊的发育方式、结构及着生位置等，可分为原始薄囊蕨纲 Protolyptosporangiopsida、厚囊蕨纲 Eusporangiopsida 和薄囊蕨纲 Leptosporangiopsida。如蕨 Pteridium aquilinum、海金沙 Lygodium japonicum 等。
厚囊蕨纲 Eusporangiopsida
瓶尔小草目 Ophioglossales
07. 七指蕨科 Helminthostachyaceae
08. 阴地蕨科 Botrychiaceae
09. 瓶尔小草科(箭蕨科) Ophioglossaceae
莲座蕨目 Marattiales
10. 合囊蕨科 Marattiaceae
11. 莲座蕨科 Angiopteridaceae
12. 天星蕨科 Christenseniaceae
原始薄囊蕨纲 Protolyptosporangiopsida
紫萁目 Osmundales
13. 紫萁科 Osmundaceae
薄囊蕨纲 Leptosporangiopsida
水龙骨目(真蕨目) Polypodiales(Filicales)
14. 瘤足蕨科 Plagiogyriaceae
15. 里白科 Gleicheniaceae
16. 莎草蕨科 Schizaeaceae
17. 海金沙科 Lygodiaceae
18. 膜蕨科 Hymenophyllaceae
19. 蚌壳蕨科 Dicksoniaceae
20. 桫椤科 Cyatheaceae
21. 稀子蕨科 Monachosoraceae
22. 碗蕨科 Dennstaedtiaceae
23. 鳞始蕨科 Lindsaeaceae
24. 竹叶蕨科 Taenitidaceae
25. 姬蕨科 Hypolepidaceae
26. 蕨科 Pteridiaceae
27. 凤尾蕨科 Pteridaceae
28. 卤蕨科 Acrostichaceae
29. 光叶藤蕨科 Stenochlaenaceae
30. 中国蕨科 Sinopteridaceae
31. 铁线蕨科 Adiantaceae
32. 裸子蕨科 Hemionitidaceae
33. 水蕨科 Parkeriaceae(Ceratopteridaceae)
34. 车前蕨科 Antrophyaceae
35. 书带蕨科 Vittariaceae
36. 蹄盖蕨科 Athyriaceae
37. 肿足蕨科 Hypodematiaceae
38. 金星蕨科 Thelypteridaceae
39. 铁角蕨科 Aspleniaceae
40. 睫毛蕨科 Pleurosoriopsidaceae
41. 球子蕨科 Onocleaceae
42. 岩蕨科 Woodsiaceae
43. 乌毛蕨科 Blechnaceae
44. 球盖蕨科 Peranemaceae
45. 鳞毛蕨科 Dryopteridaceae
46. 叉蕨科 Aspidiaceae
47. 实蕨科 Bolbitidaceae
48. 藤蕨科 Lomariopsidaceae
49. 舌蕨科 Elaphoglossaceae
50. 肾蕨科 Nephrolepidaceae
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