1 云霄飞车杀人事件 B/S
5 新干线大爆破事件
128 黑衣组织10亿元抢劫事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑衣组织的再会（灰原篇） B
177 与黑衣组织的再会（柯南篇） B
178 与黑衣组织的再会（解决篇） B
179 咖啡厅卡车撞入事件◆ 226 格斗游戏的陷阱（前篇） F
227 格斗游戏的陷阱（后篇） F
230 神秘的乘客（前篇） B/F
231 神秘的乘客（后篇） B/F
254 本厅刑事恋爱物语4（后篇） F
258 来自芝加哥的男子（前篇） F
259 来自芝加哥的男子（后篇） F
267 情人节的真相（推理篇） F
270 犯罪的遗物（后篇） F
271 急忙掩饰的忽略（前篇） F
272 急忙掩饰的忽略（后篇） B/F
274 幽灵屋的真相（前篇） B
277 英语教师VS西部名侦探（前篇） F/X
278 英语教师VS西部名侦探（后篇） F/X
284 中华街 雨中的似曾相识（前篇） F
286 工藤新一纽约事件（事件篇） B/S
287 工藤新一纽约事件（推理篇） B/S
288 工藤新一纽约事件（解决篇） B/F/S
307 遗留的无声证言（前篇） B
308 遗留的无声证言（后篇） B/F
309 与黑衣组织的接触（交涉篇） B/F
310 与黑衣组织的接触（追踪篇） B
311 与黑衣组织的接触（决死篇） B/F335 东都显影所的秘密（前篇） F
336 东都显影所的秘密（后篇） F
338 四辆保时捷（前篇） F
339 四辆保时捷（后篇）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇） B
341 厕所里隐藏的秘密（后篇） B
343 便利商店的陷阱（前篇） F
344 便利商店的陷阱（后篇） F
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★ B/F/X
346 寻找屁股上的印记（前篇） F
347 寻找屁股上的印记（后篇） F
362 帝丹高中校园灵异事件（后篇） F
425 黑色冲击！组织魔爪伸来的瞬间★ B/F/C
429 回不去的二人（前篇） C
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者 B/F/C
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬 B
465 黑衣组织的影子 珍珠流星 B
479 和服部平次共度的3天★ C/X
484 黑色照片的去向（前篇） B/X
485 黑色照片的去向（后篇） B/C
491 红与黑的碰撞 开端 B/F/C/X
492 红与黑的碰撞 血缘 B/F/C
493 红与黑的碰撞 惨叫 B/F/C
494 红与黑的碰撞 冥土 B/F/C
495 红与黑的碰撞 昏睡 B/F/C
496 红与黑的碰撞 侵入 B/F/C
497 红与黑的碰撞 觉醒 B/F/C
498 红与黑的碰撞 搅乱 B/F/C
499 红与黑的碰撞 伪装 B/F/C
500 红与黑的碰撞 遗言 B/F/C
501 红与黑的碰撞 嫌疑 B/F/C
502 红与黑的碰撞 洁白 B/F/C
503 红与黑的碰撞 决死 B/F/C
504 红与黑的碰撞 殉职 B/F/C
509 红白黄色与侦探团 F/C
563 侦探团VS强盗团（骚乱） F/C
564 侦探团VS强盗团（沉默） F
578 召唤危机的红色前兆 F
579 黑与13的暗示 B/F/C
580 逼近的黑色时刻 B/F/C
581 红色的摇摆目标 B/F/C
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决★ F/X
674 侦探们的夜想曲（波本） B
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇） B
701 漆黑的特快列车（发车） B/K
702 漆黑的特快列车（隧道） B/K
703 漆黑的特快列车（交叉） B/K
704 漆黑的特快列车（终点） B/K
705 密室中的柯南 B
706 解谜的波本 B
734 茱蒂的追忆与赏花的陷阱★ B/F
739 小五郎在酒吧里（后篇） B
740 小兰也倒在浴室里了（前篇） B
还有剧场版
通往天国的倒计时、漆黑的追踪者
集数是日语版集数 b代表组织F代表FBI、C代表CIA
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