根本原因在于各种微生物的基因不同，直接原因是各种微生物的表现形状不同。
有些微生物必须在氧气充足的环境下才能正常地进行生长繁殖，如好氧细菌醋酸菌；有些细菌却需要无氧的条件，如厌氧细菌
乳酸菌。
有些微生物适宜在酸性条件下生长繁殖，如霉菌；而细菌却需要中性或弱碱性的生存环境
不同的微生物对
青霉素的敏感程度也不同。如培养
酵母菌和霉菌时在培养基中加入青霉素就可有效抑制细菌的生长繁殖
在培养
乳酸杆菌时需要在培养基中加入维生素
除上面陈述之外还有很多事例。总之，培养不同的微生物，除了需要满足培养基的基础组分外，还需要满足其生长对PH、特殊营养物质以及氧气等诸多特殊要求，才能得到品质尽可能高的菌种