①根
黄瓜的根系由主根和各级侧根组成，主根可纵向延伸1米以上，但主要部分集中在近地表面25厘米的土层以内，20厘米表土中根系分布比例达80%以上。根系横向的伸展较宽，可达2米，但多集中在半径30厘米以内的范围内。黄瓜的根系具有好气性和喜湿性，生长环境要求疏松透气和温暖潮湿。另外，黄瓜的根系木栓化较早，且再生能力弱，断根后很难再发新根，适宜直播，若育苗则应采取护根措施并严格控制苗龄。
②茎
黄瓜的茎呈蔓性，在4叶以前，节间较短，苗能够直立。4叶以后节间加长，直立性较差，植株呈匍匐生长或依附支架攀缘生长。黄瓜的茎呈4棱或5棱状，中空，每一节间生有叶片、卷须、侧枝及雄花和雌花。黄瓜的茎大多为无限生长类型，具有顶端优势。不同的黄瓜品种其蔓的长短及分枝情况不同，蔓最长可达5米。黄瓜为有限生长类型，早熟，雌花节位高，结果集中，生长期短。
③叶
黄瓜的叶片分为子叶和真叶两种。幼苗出土后，先长出的两片对生、长椭圆形的叶片是子叶，长4～5厘米，宽2～3厘米，面积较小，但在黄瓜生长发育的初期起着十分重要的作用。子叶的形态及生长状况直接反映了幼苗的健壮情况和环境条件是否适宜。黄瓜的真叶呈掌状浅裂，互生，叶柄较长，叶片表面覆有刺毛和气孔。叶片的大小因植株的生长阶段、叶片的部位、品种及栽培条件而异，一般叶片长、宽在10～30厘米之间。黄瓜的叶片大而薄，蒸腾量大，需水量较多，因此从叶片的大小、颜色、舒展状况、叶缘深裂程度等方面，可以判断植株的生育状况。
④花
黄瓜的花分为3种类型，即雌花、雄花和两性花。雌花和雄花腋生，单性，多于黎明开放，虫媒花。花萼绿色有刺毛，花冠黄色，钟状5裂。雌花下位子房，多数3室，花柱较短，柱头3裂，有密腺。雌花从开花前2天至花后1天内均有授粉受精的能力。雄花的雄蕊退化，雄蕊5枚，组成3药并联合成筒状。花粉的寿命较短，在自然状态下，开花后4～5小时即迅速失去活性，并且温度越高，寿命越短。花粉在开花的前一天下午已具备了发芽能力，但以花冠完全展开、花药散药后花粉的发芽能力最高。
⑤果实
黄瓜的果实称作瓠果，由子房和花托共同发育而形成的假果。表皮部分实际为花托的外皮，有棱、瘤、刺或无。果实的性状因品种而异，果形为筒形至长棒状，刺色有黑色、白色及褐色。果实嫩果时为白色至绿色，成熟时为黄白色至棕黄色，有的出现裂纹。
⑥种子
黄瓜的种子呈长椭圆形或披针形，扁平，黄白色。一般每瓜含有种子100～300粒，着生于侧膜胎座上，千粒重22～42克。在常规条件下，种子寿命为4～5年，但以1～2年的种子生活力最高。种子成熟度对发芽率有很大关系。采收后的种瓜不应立即掏籽，需在阴凉通风处存放数日以利种子后熟。新采收的种子均有一段时间的休眠期，如果立即播种，则往往出苗不齐，一般用隔一年的种子最好，出苗早且整齐一致。