共有两个版本。
第一个版本：
1999年任天堂推出了GB的更新机型GBP和GBC，同是也在11月21日发售了有色彩的口袋妖怪 金银，金银的发售同样也带动了GBP和GBC的销量。本作从原来的151个精灵增加到251个。地图和剧情也都是全新的。游戏设定在第一代的4年后，在成都地区冒险后则要到达4年后的前作舞台关东地区，最后与前作主角一较高下，巨大的双地图使得本作至今都被不少玩家喻为口袋妖怪最高作，其原因和丰富的游戏系统是分不开的，真实时间的加入也让玩家有了更大的代入感。两个版本的口袋妖怪样子都不同，在联动方面不仅两个版本可以联动，还可以利用时间胶囊和前作联动。2000年，加强版-水晶发售，在精灵出场时增加了动画，口袋游戏里第一次可以选择女主角，部分地图有了变化，并且选取了人气最高的水君制作了全新的剧情，并且可以和当时很流行的日本手机拨号联动对战。
第二个版本：
任天堂新型掌机GBA终于在万众期待中推出了，可是迟迟都没有正统口袋的消息。最后终于在2002年11月12日发售。本次口袋画面变化很大，接助着GBA强大的机能，使口袋又提高到了一个新的境界。宠物也从251个再次提升到386个，这次口袋取消了黑夜白天的设计，加入了时钟的概念。新的芳缘地区，新的敌人熔岩团和水舰团，新的人物，新的故事，新的神兽，新的双主角。新增加了2V2的战斗，增加了选美比赛和秘密基地。这一系列新的要素造就了红蓝宝石在GBA上的成功。为了弥补GBA不能和前代掌机联机交换宠物的弊端，2004年发售了开山之作红绿的复刻版——火红叶绿。这次的复刻版除了画面的飞跃之外，还增加了新的南方七岛地图和无线联机，同时增加了部分金银时代的宠物的捕捉地点（当然有些还是需要官方活动）。火叶通关后可与宝石系列联机交换宠物。而后发售的绿宝石则是宝石版的加强版，新增加和改动了部分剧情，无线联机，部分道馆馆主发生变化，增加了一段关于固拉多盖欧卡的海陆大战的剧情，同时增加了天空龙裂空坐的剧情，当然最吸引人的则是通关后的对战天堂——战斗边疆。
口袋妖怪红 GBC
口袋妖怪蓝 GBC
口袋妖怪绿 GBC
口袋妖怪黄 GBC
口袋妖怪银 GBC
口袋妖怪金 GBC
口袋妖怪水晶 GBC
三个平行世界按照事件时间顺序:
GB世界线 红绿蓝黄->金银水晶
GBA/NDS世界线 火红叶绿/宝石版->心金魂银/珍珠钻石白金->黑白->黑白2
3DS世界线 宝石版复刻->XY
GB世代的游戏系统与GBA世代之后不同，而且明确提到了美国、圭亚那等现实世界国家，以及口袋妖怪以外的动物的存在，与复刻版存在一些矛盾之处，因此可以看作平行世界
而在宝石版复刻的二周目剧情中，官方明确提出了宝石版复刻与宝石版是不同的世界，以MEGA进化的存在为标志