1996～2000年，在改革开放的推动下，随着城市化进程的加快，白云区国民经济全面发展。白云区是以农业和农村工作为主的城区，“菜篮子”工程的主要基地之一，以发展“三高”农业为主导，推进农业现代化，不断调整、优化农业结构。区委、区政府在完善、提高已有“三高”农业发展基地的基础上，抓住市在白云区远郊创办农业综合开发区的有利时机，加强对“三高”农业发展的全面规划，除配合广州市城市建设用地扩展，加快中、远郊菜田基地建设外，已在全区形成优质无公害和反季节蔬菜种植区、禽畜良种开发区，名、优、特、新水产养殖基地和花卉生产基地等五个专业化生产区域性布局，促进“三高”农业逐步走向基地化、规模化、专业化和企业化，不断提高农产品单产产量和商品率，增加农副产品的有效供给，农业产业化经营水平显著提高。2000年白云区农业产业结构调整步伐加快，但因粮食种植面积大幅调减和受自然灾害及季节性因素的影响，水果大幅度减产，农业发展出现负增长，全年实现农业总产值37.0亿元，比1999年下降1.62%。1996～2000年，全区共完成农业总产值165.08亿元。与此同时，林业生产以建设生态公益林体系为重点健康发展，至1999年全区生态公益林建设规模1.24万公顷，占全区林业用地面积的52.55%；水利设施的灌溉和排涝能力提升，2000年全区农业灌溉面积达25.25万亩以上。
工业在白云区国民经济中具有举足轻重的地位。1996～2000年，工业生产继续保持快速增长。调整、优化产品和产业结构，在重点推进建材、汽车及摩托车零配件、造纸、电子及电器、食品和玩具等六个支柱行业发展的同时，大力培育和发展高新技术产业，改造传统老企业、发展新企业，加快工业开发区建设，重点开发东西两侧的云埔（白云）工业区、石井工业区和江高个体私营经济试点区等一批新工业发展基地，逐步形成合理的工业布局。“三资”企业、私营企业、个体工业继续保持强劲发展势头，工业经济结构得到调整和优化。2000年，全区工业增加值42.40亿元，是1995年的2倍多，全区完成工业总产值163亿元，其中轻工业产值105.74亿元，重工业产值57.26亿元，比重分别为64.87%和35.13%；在工业总产值中，国有以及规模以上工业产值109.5亿元，规模以下及个体工业产值53.49亿元，比重分别为67.18%和32.82%；村及村以下工业企业工业产值65.17亿元。1996～2000年，全区共完成工业总产值619.05亿元。白云区坚持从实际出发，努力发展外向型经济；加大开放力度，充分利用本区土地资源丰富和地理位置优越、交通畅顺的区位优势和已经具有的产业基础等良好投资环境，围绕建设国际大都市新城区的目标，实施重点区域综合开发带动引进外资开发，招商引资工作重点着力于引进先进技术和管理，改造传统的产业结构和企业组织结构，实现传统轻型工业与高科技项目并举，在继续发展纺织制衣、制鞋、玩具“三大项目”的同时，大力引导外资投向电子、机械、“三高”农业和基础设施建设领域。2000年，全区实际利用外资1.01亿美元，外贸出口总值5.47亿美元。1996～2000年，全区实际利用外资4.27亿美元，利用外资项目136个。
在国有和集体商业规模缩小的同时，个体私营商贸业快速发展，不少具有新型业态的大型商业机构进入白云区。至2000年，区境内商业批发市场和专业交易市场157个（其中：消费品综合市场30个，农副产品市场67个，工业消费品市场52个，生产资料市场4个和其他市场4个）；全区集市贸易成交总额117.54亿元，比1996年增长3.96倍，年均递增37.77%；社会消费品零售总额75.55亿元，比1996年增长118.05%，年均递增16.87%。
1996～2000年，全区经济结构不断调整优化，第三产业比重逐步提高。1996年，三次产业比例为24.23∶37.60∶38.17，至2000年调整为15.59∶37.75∶46.66，第三产业比重提高了8.49个百分点，全区经济结构日趋合理，经济质量明显提升。随着政府经济管理职能的转变，各管理部门依法依规加强经济管理，以完善的服务和规范的执法，促进全区经济健康发展。
