当U盘文件变成快捷方式时，可以采取以下两种方法进行恢复：
方法一：删除U盘病毒文件。首先需要显示隐藏文件，然后用资源管理器打开U盘，删除后缀名为“.vbs”和“.inf”的文件，这些文件都是病毒文件。这种方法可以保留U盘中原有的文件。
方法二：格式化U盘。在电脑上右击U盘，选择格式化，根据需要更改U盘系统，然后进行格式化。这种方法会将U盘中所有文件都清空，所以在操作前要备份好重要的文件。
总之，如果U盘文件变成快捷方式，可以先尝试删除病毒文件，如果无法解决，就需要进行格式化。不过，在进行任何操作前，一定要备份好重要的文件，以免造成不必要的损失。