大学毕业两年后档案的去处如下：
1、学校
暂时没有找到工作或正在考研的毕业生，档案可以申请暂时留在毕业院校由学校保管，保管期限为两年，如果到期后没有转出，将会按照弃档处理。
2、原籍地
毕业生也可以申请把档案调回原籍地，由当地的相关部门进行暂时保管，等到找到工作单位后，再申请调档。
3、工作单位
如果毕业后顺利的找到了工作，那么学校就会把档案邮寄到毕到业生的工作单位，由工作单位统一保管。
4、人才市场
必须确定在毕业时是否已签国三方协议，这是学生、学校和工作单位共同签的一个协议书，签了的话，报到证备注栏就不是空白，此时档案会在这个单位所在地的人才市场，没签的话，报备栏为空，默认打回原籍。本科生打到省级人才市场，专科生打到市级人才市场，师范类毕业生打到教育主管部门，一般在教育局。
5、街道办事处
毕业生也可以申请把档案调回当地的街道办事处，好处就是档案就在自己身边比较放心，但需要缴纳一定的存档费用，而且调档比较麻烦。
大学毕业后档案的保管方式
1、大学生在快毕业时，学校会给每个学发生三份就业协议书，这个协议书和你的档案是有直接联系的。学校为了提高他们的学生就业率，一般是要求每个学生都要交这张表的，但是如果你这时的工作只是临时的，或者没有计划长期干下去，一定不要签这份协议书，不然以后会很麻烦。
2、如果你对你的工作很满意，准备长期工作的话，可以在这家单位把就业协议签了，你的档案也会转入这家单位。但是如果你不是正式工，有的单位可能不给你签，这点需要事先问清楚。很多大学生毕业时都没找到理想的工作，所以他们的档案都必须先保存起来，国家规定档案是不能自己拿的，一般都托管到人才中心。
3、有的学校在学生毕业后会把档案直接寄到学生户籍所在地的人才市场，但是有的学校需要学生自己办理，这点只需要你先到准备托管的人才中心开一张接受证明，然后去学校把档案提出来，在托管到人才中心就可以了。