事业单位内部劳动合同制和编制区别如下：
1、工资开支来源不同：正式编制人员工资由财政拨款解决，合同制人员工资由单位预算外收入中解决。
2、福利待遇：正式编制人员的福利待遇按政策规定及上级部门规定执行，合同制人员参照正式编人员标准执行。
3、正式编人员可以在事业单位之间调动，合同制人员不能。
4、正式编制人员可以提任副科级职务，合同制人员不可以。
法律依据：
根据《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的；
(二)严重违反用人单位的规章制度的；
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)被依法追究刑事责任的。