中山大学附属第二医院为了扩大医疗服务覆盖，更好地服务于广州市海珠区及南海、番禺、顺德、中山等周边地区，于2000年3月在瑞宝区建设了一家现代化的综合性三级甲等医院，即“中山大学附属第二医院南院”（简称中山二院南院）。
南院作为中山二院的扩展部分，其目标是打造以“肝胆外科”为特色的专业医院。南院与总院紧密协作，共享医疗资源，其医疗团队由中山二院的优秀专家和技术骨干组成，提供高质量的医疗服务。
2002年1月，南院正式投入运营，地址位于广州市海珠区东晓南路与盈丰路交汇处。医院占地7000平方米，建筑面积26000平方米，拥有4000平方米的大型停车场。医院分为前后两部分，前楼设有综合门诊部、急诊室及内科、妇科肿瘤、妇科内分泌和小儿外科住院部；后楼则是普通外科住院部，总病床超过300张。南院提供全面的门急诊服务，包括急诊科、内科、外科、妇产科、儿科、皮肤科、中医科、神经内科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、康复科等，以及配套的辅助科室如手术室、检验科、放射科等，设备齐全，能满足常规检查需求。
中山大学附属第二医院南院的医疗业务由总院统一调度，实行全周门诊，急诊24小时值班，并配备救护车。总院的副教授以上专家会定期到南院出诊、查房和会诊。医院还提供往返巴士服务，方便南院患者在需要时前往总院进行特殊检查。南院以一流的设施和现代化的服务，承诺患者医术精湛、服务满意、收费合理，致力于提供全方位的便捷优质服务。
中山大学附属第二医院，原名中山医科大学孙逸仙纪念医院，是一所历史悠久、具有光荣革命传统的大型综合性医院。它诞生于1835年，由美国传教士伯驾（Dr.ParKer）先生创办，是近代中国成立最早、延续时间最长的西医院。