鉴别诊断过敏性紫癜肾炎与其他肾炎类型的关键在于各自特异性的临床表现和实验室检查结果。
首先，急性肾炎与紫癜肾炎的不同在于血清C3水平通常下降，急性肾炎患者无皮疹和关节炎，而紫癜肾炎则伴随皮肤紫癜和肠绞痛，通过皮肤活检和肾活检可以明确诊断。
狼疮性肾炎有特征性的蝶形红斑或盘状红斑，伴有充血性红斑。除了肾脏表现外，还可见光过敏、口腔溃疡等多系统症状。血清C3下降，免疫学检查显示抗dsDNA、抗Smith抗体等阳性，皮肤活检狼疮带阳性，肾活检则显示出V型病理改变和免疫荧光的“满堂亮”现象，IgG、IgM、IgA、C3共同沉积，以IgG和IgM为主。
原发性小血管炎如微型多动脉炎和韦格内肉芽肿，除了紫癜和肾损害，还常伴有上呼吸道和肺部症状。皮肤或结节活检可见血管壁病变，免疫荧光阴性。肾活检显示肾小球坏死和肉芽肿形成，ANCA抗体检测有助于诊断。IgA肾病主要表现为反复肉眼血尿，病理上IgA、IgG、IgM沉积，与过敏性紫癜肾炎相似但主要限于肾脏，两者的基因背景也有共同之处，但过敏性紫癜肾炎更多涉及全身系统受损。
血液病引起的紫癜与过敏性紫癜肾炎可通过血小板计数和出血时间正常进行区分。腹型紫癜肾炎需与急性阑尾炎、出血性肠炎等急腹症相鉴别，尤其是出现咯血和肾衰竭时，可能需要与古德帕斯丘综合征相区分。
过敏性紫癜(anaphylactoid purpura)也称为出血性毛细血管中毒症，是一种毛细血管变态反应性出血性疾病，可能与血管的自体免疫损伤有关。临床特点除紫癜外，常有皮疹及血管神经性水肿、关节炎、腹痛及肾炎等症状。