首先，
印花税是财政部收取，而不是证券公司收的。所以要求证券公司为客户缴纳的印花税开发票是没道理的。
至于手续费，理论上说应该是可以提出此要求的，但没听说过哪个证券公司提供这项服务。
你可以到证券营业部拉一下你的交割单，交割单上会有你每笔交易缴纳的税费明细。你可以咨询证券公司，看看你的手续费比例到底是多高。印花税不用问，全国统一的。
我不知道你用的是哪个公司的软件，按道理说印花税和手续费不应该合并显示。不过算起来也不是很麻烦啊，你可以在购买股票时计算，因为目前买股票是不用交印花税的，这样方便些。另外
沪市股票还有个
过户费，这个也不要忘记。